...r1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \ -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ -O ${i}.${Chr}.g.vcf.gz \ --max-alternate-alleles 4 \ --sample-ploidy 2 \ ...
...数据里是有4组，并非treatment/control两组而已，无重复，四个独立组，出DEG时，只选其中两个，不考虑其他两组。然后发现，在软件GSEA，因为要上传cls文件，提供组别信息，如果我不把四组列出来，只列我想比较的两组，跑出来...
Rscript ../tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE12417 -o GSE12417-array --skip 27直接下载会报错，这里手动下载：#手动下载 matrixwget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12417/matrix/GSE12417-GPL570_series_matrix.txt.gz -O GSE12417-array/GSE12417-GPL5...
...。 由于很多抗体Fab片段不能很好地结合蛋白A、蛋白G或蛋白L亲和树脂，我们通常在抗体重链的C端添加poly-histidine标签，以便于纯化。在设计构建载体时，可在His标签和Fab之间加上蛋白酶识别位点，这样抗体纯化后可通过蛋白...
在提取miRNA前后500bp序列时，若没有其位置信息，提取会比较麻烦，可用以下方法提取： 1.首先利用blast软件将miRNA的前体序列与基因组比对，获取前体序列的位置信息，比对方法： makeblastdb -in Donkey_Hic_genome.20180408.fa -dbtype nucl -t...
...一个包含多列数据的文件 data.txt A 2565 301298 0.69% B 50 83602 0.19% C 3568 2710730 6.23% D 16 9837 0.02% E 5 891 0.00% F 3669 2822554 6.50% 如果你想要为第二列和第三列的数据添加千位分隔符，...
...高的植物，茶树（Camellia sinensis L.O. Kuntze）就是其中的一个典型代表。下面就来介绍一篇利用RNA-seq研究茶树Al耐受性机理的文章，告诉大家它的成长真不容易！ 预实验确定RNA-seq取样点 分别在0、100、200、400、1000 μM Al浓度下...
...曰“工欲善其事，必先利其器”，学习生信怎么能不配两个屏幕呢！一竖置屏，一横屏更是完美搭配！ 那么电脑设置双屏显示或多屏显示有什么用？怎么设置双屏或多屏显示呢？下面小编简单介绍一下它的作用以及具体的操作...
...明。 那如何来查找这些基因呢？这就要用到OrthoMCL这个软件了。 OrthoMCL介绍 OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/) （v2.0版本）是现在用的最多的一款来找直系同源基因（Orthologs）以及旁系同源基因 (Paralog) 的软件。 根据官网的...
...。 3、鱼骨图分析法 5M因素包括人、机、料、法、环5个方面： “人”指的是造成问题产生人为的因素有哪些; “机”通俗一点就像战斗的武器，通指软、硬件条件对于事件的影响 “料”就如武器所用的子弹，指基础的准...
...数)或缺失(减少拷贝数)。这些变异可能覆盖几千到几百万个碱基对。而肿瘤恶性细胞通常伴随着拷贝数变异，通过影响相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞转录组数据分析过程中，肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related m...
很多同学会有这个疑问：做生物信息分析对笔记本电脑要求高吗？我的笔记本够用吗？ 贵的笔记本性能就一定强吗？ 我发现目前网上这方面的信息很少，甚至还有些生信大V做错误的高中低配笔记本推荐，点进去一看“中配”...
...下载数据时报错。详细的更新信息参考TCGA官网说明： https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/#data-release-320 这里提示几点重要更新： 例如：转录组之前HTSeq流程的数据，现在是STAR-Counts的数据。 受到影响的主要是...
来源：科学网 作者：施一公 作为一个科研工作者，在国际学术期刊上发表科研论文是与同行交流、取得国际影响的必经之路。有些国内的科学家，实验做得很漂亮，但常常苦恼于论文的写作力不从心，成为国际交流的一大...
... 接触和分析过TCGA数据的朋友肯定会经常处理TCGA barcode的7个编码信息，每个编码信息用横杠-隔开，如下所示： 第一次分析TCGA数据看着这么长的样品编号感觉很是难以理解(例如：TCGA-3M-AB46-01A-11D-A410-08,TCGA-3M-AB47-01A-22D-A410-08,TCGA-B...