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文章 非小细胞肺癌（GSE123904）

数据下载： wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE123904&format=file" -O GSE123904_RAW.tartar xvf GSE123904_RAW.tar 准备map.txt文件： LX653PRIMARY_TUMOURLX676PRIMARY_TUMOURLX682PRIMARY_TUMOURLX699METASTASISLX661PRIMARY_TUMOURLX255BMETASTASISLX682NORMALLX7...

问题 在SNPcalling结束后进行合并gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改

...gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改？或者是哪里出现了问题？ 四个文件并不一样大小 感病亲本 子代感池，名称那一栏，子代的名...

文章 三代纠错软件LoRDEC安装

软件地址：https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/wikis/home#lordec  安装版本：0.9 下载之后解压并安装： 环境变量设置，提高GCC版本为 6.4： export PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib6...

问题 dadi

...误：运行命令为：cd annovar ## 根据基因组创建annovar库 gtfToGenePred -genePredExt $gtf unknown_refGene.txt retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile $fa --outfile unknown_refGeneMrna.fa unknown_refGene.txt table_annovar.pl $data/goat.recode.vcf ./ -buildver unknown -...

文章 顺式作用元件分布图绘制

...解下顺式作用元件分布图如何绘制！ 上图展示的是每个基因上游promoter区（基因位于负链则为下游，长度一般是起始密码子前1500bp），顺式作用元件种类及分布情况，具体某个数据时可以选择自己感兴趣的基因、顺式作用元件...

问题 关于差异表达基因倍数

我在看差异表达基因数据表时发现一个问题，两个基因在a组为0，在b组分别为30和209，但差异倍数的log2的值却分别为8.577和3.790？请问这是怎么回事？

文章 微生物与环境因子，代谢物，功能等相关性分析linkET

https://github.com/Hy4m/linkET 示例代码： library(linkET)library(ggplot2)library(dplyr)#读取示例数据#micro <- read.delim('微生物数据.txt', row.names = 1)#env <- read.delim('环境数据.txt', row.names = 1)data("varechem", package = "vegan")data("varespec", package = "v...

文章 如何用R筛选出高表达的基因，低表达基因

...der(rowSums(myfpkm),decreasing=T)[1:5000],]  #筛选表达量高的前5000个基因myfpkm[rowSums(myfpkm)&gt;1,]  #筛选掉表达量低的基因minRowFPKM=rowMeans(myfpkm)&gt;2  #按平均数筛选minNumFPKM=rowSums(myfpkm&gt;0)&gt;10 #表达量不为0的样品个数筛选myfpkm=myfpkm[minRowFPK...

问题 利用gff文件提取基因结构，结果文件是空的

... $opts{out} failed\n";my %gffs;while (<IN1&gt;) {chomp;next if /^#/;my @b = split/\st/, $_;$gffs{$b[0]} = 1;}#print Dumper(\%gffs);while (<IN2&gt;) {chomp;next if (/^#/);my @a = split /\t/, $_;next if $a[2]=~/exon/i;if ($a[2] =~/^mRNA$/i or $a[2] =~/^transcript$/i ) {($id1) =  ($a[8] =~ m/ID=...

文章 CRISPR技术将铜绿假单胞菌研究推向新篇章-源井生物

...载体pyochelin介导和ABC转运体是铜绿假单胞菌Ga3+内化的两个主要途径。研究者揭示了Ga3+能抑制铜绿假单胞菌生长和生物膜形成。 铜绿假单胞菌利用pyochelin介导和ABC转运体通路摄取Ga3+和Fe3+的示意图 硝酸镓能改善CF和慢性铜绿...

文章 蛋白质定量—MaxQuant软件的使用

...和样本，Group（指不同的实验，如label/SILAC同时进行即为2个Group0和Group1，一般跑一个就可以）；组特定参数：Group参数的设置，一般只是Group0；性能：显示正在运行的具体步骤和动态；可视化：数据可视化模块， 能在labelfree定量...

问题 16S 差异比较使用compare_errorbar.r的时候报错

...都是准确的 这个代码不报错 for i in {2..6};do     Rscript $scriptdir/meta_stat.r -i ../05.export_data/taxa_summary/absolute_abundance/feature_table_tax_L$i.txt \ -m $metadata -t Group \ -a WSD_Lig_PPI -b WSD_PPI \ -o meta_stat --name WSD_Ligatur_vsKD_Ligatur_Lppi$idone#...

问题 RNAseq有参转录组分析差异表达分析这一环节出现一些问题，ggplot版本问题

(rnaseq) [yangxm@sonmi 5.deg]$ Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv -g normal_vs_tumor.compare.txt  -k $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r normal --fdr 1 --fc 1.1 -p normal_vs_tumor Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR...

问题 群体遗传分析过程中无法构建进化树

过程中supergene.phy和fasttree.nwk都可以生成，但利用ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree构建进化树就开始报错，邱老师解答：

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

use strict; use warnings; print STDERR "gene symbol column number: "; my $geneSymbolCol=<STDIN&gt;; chomp($geneSymbolCol); $geneSymbolCol--; my $expFile="probeMatrix.txt"; my $gplFile="ann.txt"; my $expFileWF="geneMatrix.txt"; my %hash=(); my @sampleName=(); open(EXP,"$expFile") or d...