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文章 详细介绍如何利用iTOL在进化树中用颜色体现样品分组信息

前不久有伙伴问到怎样才能在进化树中体现样品的分组,其实很简单,编就来讲讲怎样实现吧。 使用的工具是iTOL这款在线软件,可点这里 绘一棵超酷炫的系统发育树 了解iTOL的使用方法。基础的使用方法就不再讲述了,...

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载?

...据和表达数据,并自动整理成表格,方便后续分析: 如何使用命令行的方法分析数据 扫描下方二维码学习命令行分析数据,以及获得TCGA数据下载最新代码: https://zzw.h5.xeknow.com/s/3mdwk4  

问题 老师您好,我在运行alpha diversity calculation 这段代码时出现报错信息,没有alpha_diversity.py这个文件,校验了下提供的代码确实没有,售后老师说可能是软件自带的,请问这种情况改如何解决?alpha_diversity.py,beta_diversity_through_plots.py,make_2d_plots.py,nmds.py,upgma_cluster.py这些都没有

文章 遗传家系图代表意思以及绘制技巧

...患病成员的后代中则无此病患者,即该病在家系中出现得比较集中(下图 )。这类病如遗传性卟啉病。 (2)常染色体隐性遗传病。该病致病基因在常染色体上,与性别无关,而且因为是隐性遗传,即必须一对等位基因均是致病...

问题 MEME motif 统计每条序列中motif的种类

...以外,还想统计一下每条序列中motif的分布情况。请问该如何批量操作? 在得到的结果文件中,有看到下图所示的motif信息。[ ]之间的括号以外的数字表示motif编号,但是不知道该如何批量提取。 非常期待老师的回复!

文章 手把手教你在线分析转录因子结合调控分析(植物)

...表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析 4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,...

问题 想问一下用做药物作用后的itraq标记质谱分析蛋白的变化?对照组是113和114,实验组是115,116,117,那如果得到了115/113,116/113,117/113,115/114,116/114,117/114这些都是实验组与对照组倍数变化fold change 以及他们对应的p值,那我怎么用,筛选的时候要用这六个比值的均值吗?还是有其他的筛选办法?还有六个p值应该如何来筛选?

文章 芥菜生长素受体蛋白 TIR1/AFBs基因家族分析文章解读

...表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,...

文章 蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT

...在细胞中的各个位置,其中蛋白丰度高,种类丰富的研究比较深入。定位注释结果准确的区域有细胞核,原生质体,线粒体,内质网等,植物还有叶绿体和液泡。而对于定位在细胞膜,分泌蛋白或者定位在多个区域的蛋白来说,...

文章 下载TCGA基因表达量文件,应该选Count,FPKM还是FPKM-UQ ?

...0^9)/[(3,000)*(2,000)] = 166,666.67 那么我们一般下载那种数据比较好呢? 如果是做差异分析的话,我建议采用counts ,毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数。 如果是计算样品间的相关性,聚类等,那就可以采用均一化的FPKM...

问题 泛基因组分析,磁盘配额不足

老师您好,解压基因组文件过程中,解压一半解压不了了,显示磁盘配额不足怎么办,我现在基因组有22个茶树品种,每个又比较大。

文章 构建遗传图谱---作图群体如何选择?

基因定位最有效且最常用的方法就是先构建遗传连锁图谱再进行基因定位,该方法对于数量性状和质量性状的基因定位都适用。 构建连锁图谱的前提是建立作图群体,建立作图群体需要考虑几个因素:亲本(父母本的选择)、...

文章 python数据可视化-matplotlib之inshow

...cmap=plt.cm.BuPu_r) plt.subplots_adjust(bottom=0.1, right=0.8, top=0.9) # 调整边距和子图的间距 subplots_adjust(self, left=None, bottom=None, right=None, top=None,wspace=None, hspace=None) cax = plt.axes([0.85, 0.1, 0.075, 0.8]) # https://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.pyplot.axes.h...

文章 群体基因交流分析的几个统计值

...ABBA-BABA检验,是检测基因交流的基础方法。 原理:通过比较四个种群的(P1, P2, P3, 外群),检测"ABBA"和"BABA"模式的不平衡性。显著偏离零的D值表明P2/P3或者P1/P3之间存在基因交流。 ABBA:等位基因在 P3 和 Outgroup 中匹配,但与 P1...

文章 MAFFT介绍

...了--maxiterate设置最大迭代次数和--localpair进行局部比对。调整线程数以加快比对速度:mafft --thread 4 input.fasta > output.fasta使用--thread选项可以指定线程数,以并行处理来加快比对速度。 适用场所 市面上还有很多其他的多序...