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文章 string数据库下载的文件

...说明书 1,neighborhood_on_chromosome: 这个特征表示在基因组,两个基因是否靠近彼此,通常使染色体上的物理距离来确定。如果两个基因在某些物种距离非常接近,那么它们被认为是相邻的。 2,gene_fusion: 这个特征表示两个...

问题 mapman 如何添加 生长素 乙烯 激素的 合成转运的pathway?

像图片的生长素的通路过程,但是在mapman 没有这两种激素的下载信息,网站上也没找到,请教一下各位大神,有知道的没?希望不吝赐教,万分感谢!

文章 linux 从文件随机抽取部分数据

如何从某一个文本文件随机抽取一部分数据。譬如右下方这样的基因表达量数据的统计文件ref_trans_full_table.xls目标是由此文件随机抽取一部分数据。 1、可以利shuf获取随机数据,譬如随机选出其的10个基因:(先获取...

文章 gwas课程 建树

Error: Insufficient values in manual scale. 22 needed but only 19 provided.

文章 使MCscan进行多物种共线性分析与绘图

...于一篇21年发表的马铃薯 NRAMP 基因家族文章,在该篇文章,作者共鉴定了包括马铃薯在内6个物种(马铃薯、拟南芥、番茄、辣椒、水稻和烟草)的共48个NRAMP 基因家族成员,并通过转录组分析对5种重金属(Pb2+、Cu2+、Cd2+、Zn2+、Ni2+...

问题 课程“微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)”,CoNet构建网络时按照操作步骤做出来初步网络的点和边的数量与课程的不一致,是什么原因?

按照课程操作选择后产生的点和边数与课程不一致,我的Cytoscape版本为3.9.0 

问题 我想请教一下16s高级扩增子分析的,微生物共存网络的问题,在“确定物种间存在相互作关系的阈值,将相关性R矩阵内不符合的数据转换为0”这步,按照视频给的代码进行操作后报错,原因是矩阵有缺失值,请问这个缺失值如何处理,把他如何赋值为0?

问题 MCScanX 使需要的简易gff脚本

MCScanX 使需要的gff比基因组的gff更为简略,请问是否有相应脚本可以生成?或者有什么方法可以制作这个gff呢?

问题 WGCNA分析模块与性状正负相关性的意思?

比如在下图brown模块与weight性状成正相关,意思是指brown模块基因在weight性状表达量是上调的吗?brown模块与glucose-insulin性状成负相关,意思是指brown模块基因在这个性状表达量是下调的吗? 请老师具体解释一下正负...

问题 motif分析出现错误

文章 如何快速从转录组数据筛选目标基因!

如何从海量高通量测序数据筛选出目标数据?这是困扰大多数老师的一个难题! 以转录组为例,想要挖掘数据,首先要看得懂数据,这是基础。 接下来小编以一个excel的简单函数为例,演示一下如何从表格快速筛选感兴趣...

问题 蛋白质组测序过程搭桥是什么意思?

蛋白质组实验设计,会因为样品数原因,会出现搭桥设计,什么事搭桥?什么样的样品需要搭桥?

文章 已知集合交集数量绘制韦恩图

...m 和 eulerr,每个包都有其独特的优势和适场景,但是其很多包在处理大量数据的时候都存在一个显著的问题,那就是出图的速度很慢,主要原因是R包计算交集的时间复杂度高:对于 n 个集合,如果每个集合有 m 个元素,算...

问题 老师好,我想问一下,RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢?reads count又有怎样的途,与前面三个有关系吗?有一篇paper说,The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要RSEM标准化处理后才能进行吗?

问题 求助大佬笔记本购买相关# 现在一台五年前笔记本,i5,12G(4+8应该不能组成双通道吧),gtx960显卡,无固态。不是纯生信专业,也就做做基因家族分析和转录组分析,如果不想上台式的话,买什么配置的笔记本体感提升会非常大呢?另外如果买macbook的话普通生物软件全不全?毕竟还要做湿实验