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问题 perl求助，基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...a.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=split;    $in=~s/$old/$new/;} 这个是网上的perl，out文件是空白的。。求老师看一下

文章 VI、VIM用什么命令跳到文件头和文件尾

...二： 非编辑状态下：英文格式，输入gg 跳转到文件头 2.跳转到文件尾 方法一： 非编辑状态下：输入冒号(:)，之后输入$方法二：非编辑状态下：按Shift+g 跳转到文件末尾方法三：非编辑状态下：英文格式，输入大写的G跳转...

问题 关于多因素 cox分析后，gene signature的构建的问题

...本算出的值进行高低风险评价，生存分析，以及ROC的吗? 2、predict 预测之后，可以查到样本对应的一个值，这个由若干个基因构成的公式 应该如何查看呢？3、文献中 说的是 coefficient * 基因值，然后相加，可是我试了一下，这个...

问题 IsoSeq3分析中用lima去除测序引物和barcode没有结果

在用IsoSeq3分析时 1）ccs --minLength=200 --minReadScore=0.75 --minPredictedAccuracy=0.8 --numThreads=20 --noPolish --minPasses=1 --reportFile=test.ccs_report.txt test.subreads.bam test.ccs.bam  2）lima test.ccs.bam adapter.fasta test.demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi  在第二步生成的...

文章 蛋白质组分析软件MaxQuant

...维护： 该软件有十几年的开发历史，一直在更新迭代。 2. 培训：每年都举办相应的培训会议，目前已经举办了10届。  3. 权威： 该软件最新的一篇文章是发表在nature protocol 上，被广大科研工作者使用。 4. 免费： 在众多收费...

问题 请问转录组测序得到的同一基因序列在不同数据库得到的注释为什么不一样？

我做转录组测序，结果中有2个基因序列，它们在NR库中得到了相同的注释（gb编码相同），在Swissprot中得到的注释却不同。能解释一下数据库比对的原理吗？为什么会出现这种现象？

文章 TCGA临床信息如何正确的保存格式

...床数据中存在几个问题： 1. 一些值缺失，没有值填充 2， 一些字段中存在空格，逗号等 如果直接采用R中的 write.table进行读写，经常会存在数据错行，字段错列的情况,主要的原因是该函数默认采用tab格式 ：“\t” 进行数据分...

文章 R语言补齐缺失值进行 聚类分析 PCA分析

... = T,row.names = 1,sep="\t") df=log1p(df) res.comp <- imputePCA(df,ncp=2) clustering <- hclust(dist(res.comp$completeObs), method = "complete") plot(clustering)

问题 老师，麻烦问一下制作基因结构图时，gene_exon_info.gff文件始终为空的，

图1为GFF文件，图2 为_domain_new_out_removed_redundant,txt文件

问题 为什么我hifiasm组装出来的文件基本都是空的呢？

..._output.fastq   #get primary contigs in FASTA awk '/^S/{print ">"$2; print $3}' hifi.asm.bp.p_ctg.gfa > hifi.asm.bp.p_ctg.fasta    这是运行代码

问题 mcscanX 绘制共线性圈图报错family_circle_plotter

...ager/ERFfamily/MCScanX1/family.ctl -f /home/manager/ERFfamily/MCScanX1/AP2_family.txt -o /home/manager/ERFfamily/MCScanX1/AP2.PNG 报错截图： 输入文件截图： 路径检查：

问题 转录组测序结果qPCR验证的log2FC怎么算的

老师，您好，我想问一下您这里https://www.omicsclass.com/article/446介绍的qPCR验证测序结果，其中相关性分析里Log2(FC)qPCR的值是三个样本的log2FC取均值吗？因为测序结果就一个FC，但是qPCR每个样本都有一个2^-△△Ct值呀？

问题 SeparateChromosomes2划分连锁群不合理怎么解决

我分析的群体是果树的F1，具有25条染色体，因此我想要分成25个连锁群。利用zcat p.call.gz | java -cp /mnt/e/QTL/20240813HLVCF/my_genetic_map/01.PrepareData/Lep-MAP/bin SeparateChromosomes2 sizeLimit=30 numThreads=10 data=-  lodLimit=$lod usePhysical=1  0.000000000001 >...

文章 MITE_Hunter 第六步报错 aln not exits

... 1. 报错信息 在运行第六步（-S 6）的时候出现报错： 2. 报错原因 发现第六步执行： 在MITE_Hunter_worker3.pl这个文件中check发现在比对之前都没有问题，但是比对的时候选择的软件不存在了，所以未能生成aln文件 3. 解决办法 ...

文章 抗独特型抗体制备常见问题解析

...的免疫原既可以选择全长抗体药也可以选酶切后的F(ab’)2片段，二者各有优缺点。全长抗体药因为Fc段的存在，更容易与人总IgG和同型IgG产生交叉反应，进而增加了抗独特型抗体的筛选背景和筛选难度；但全长抗体药，没有经历...