文章 Cox生存分析中Risk Score 的计算

针对有不少学员问起《TCGA-生存分析》课程中的Risk Score 到底是如何计算的。现进行简单的介绍： cox生存分析模型  Cox比例风险回归模型，是用  作为因变量，模型的基本形式为：                              ...

文章 生化检测是什么？生化检测试剂盒该怎么选？

...的理论与技术，通过检测人体血液、尿液、脑脊液等样本中化学物质的量与质的变化，为临床医生或研究者提供疾病诊断、病情监测、疗效观察、判断预后以及健康评价等信息，最终判断被检者是否存在潜在疾病或排除某些疾病...

文章 NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件等

...基因组gtf文件，获取线粒体所有基因名 以上漾濞槭例子中没有RefSeq信息，接下来以斑胸草雀为例，在斑胸草雀的参考基因组染色体详细表单中定位到Type列为MT的染色体(线粒体基因组)，记下对应的RefSeq（Scaffold序列号）NC_007897.1 ...

问题 请问在把基因预测中，靶基因与转录因子关系中：tf_cor_target"NA",tf_target_cor显示NA，请问这是指什么？

问题 meme中motif site和scanned site

我用meme分析motif时，部分蛋白在TBtool中显示没有motif，但网页版中motif location中显示motifsites➕scanned sites时可以看到比较矮的motif，那么怎么能在用TBtool做图时显示每个蛋白都有motif呢？

问题 老师您好，我线下上过您的基因家族培训课程，目前在尝试用大豆基因组进行分析，但我发现从ENSEMBLEPLANT下载的基因组序列格式跟拟南芥的注释格式不一样，我已经尝试着进行了 一些编辑，但还是无法统一ID，麻烦您帮我解决一下这种基因组注释格式修改问题

下面这几个文件是从ensembleplant 网站下载的，Glycine_max.Glycine_max_v2.1.43.chr.gff3 ，  Glycine_max.Glycine_max_v2.1.cds.all.fa ， Glycine_max.Glycine_max_v2.1.pep.all.fa ，格式信息如截图所示（我在基因家族培训QQ群里发布的那张图是我自己尝试编辑修...

问题 老师好！我分别用课程里fst, pi, TajimaD 方法筛选出的top5%基因，都是只有第一条染色体上的（我的数据一共有16条染色体），出的图也都只是第一条染色体的。但是用fst和pi联合筛选的基因，16条染色体上的都有。为什么会出现这种情况呢？

文章 利用bedtools统计VCF文件中各染色体不同区域中的变异数量

1.获得基因组的各染色体的长度信息 $ samtools faidx genome.fa#生成gemome.fa.fai文件第一列为染色体，第二列为对应染色体长度chr01   44488843        7       44488843        44488844chr02   38522657        44488858        38522657        38...

文章 linux中进程状态

linux上进程有5种状态:   1. 运行(正在运行或在运行队列中等待)  2. 中断(休眠中, 受阻, 在等待某个条件的形成或接受到信号)  3. 不可中断(收到信号不唤醒和不可运行, 进程必须等待直到有中断发生)   4. 僵死(进程已终止, 但...

问题 老师您好，请问怎么从GEO中几万个基因数据中找出几千个想要的基因数据呢？或者我已经筛选出了差异表达基因，我怎么找到这些差异表达基因的具体数据？

文章 TCGA临床数据中的TNM分期，如何转换成WGCNA分析中的性状数据

WGCNA中的性状数据，主要可以分成两类： 1. 数量性状的数据 数量性状的数据，不需要改变，保持原有的值即可，比如年龄，复发时间等。 2. 分类数据 分类数据，需要进行one-hot 编码。也就是说分类数据只有0，1两种值，不同...

问题 基因家族分析--结构域在线数据库中确认

老师， 在基因家族分析--结构域在线数据库中确认的时候， 首先使用的是利用pfam的结构域使用hmmsearch的方法找到的候选基因， 在后续的NCBI-CDD的确认 和 smart 网站确认的过程中， 发现在这两个网站分别有几个基因不含有目标结...

问题 #提取cds 用基因的id，作为序列的id；；1.这条指令如何修改，我想保留第一个pbr013511.1，这条指令只能保留中间部分 2.提取完cds和pep后，>DAnjou后面的内容，没有基因ID，ANQ为他的gff3文件 3.同样也是提取完cds和pep之后，>后面内容无基因id；DL为gff文件

问题 重测序课程中批量设计引物，脚本问题

老师你好，在使用重测序批量使用脚本的过程中，出现这个问题们应该怎么解决 使用第一个脚本 下面的是报错信息

问题 Circos绘图课程中有个叫genome.txt的配置文件，具体应该怎样生成

基因家族分析视频中的Circos绘图课程中有个叫genome.txt的配置文件，请问具体应该怎样生成，打开如图所示，里边的数字视频中说的存在线性关系的染色体区块，请问来源是哪里呢，是MCscan课程中生成的AT.tandem文件吗？但是里边...