问题 在linux中提取gtf文件部分基因的信息

老师您好，请问在Linux中如何从gff文件提取部分基因的位置信息呢？ 目前已有文件：物种的gtf文件；需要提取的蛋白id文件

问题 重测序中GATK无法运行

运行代码和结果如下图

问题 遗传图谱构建中群体SNP检测与开发

我们通过全基因组重测序对2个亲本和多个子代进行了测序，想通过该数据构建遗传图谱，但是看文章发现要先对亲本中缺失和杂合的SNP过滤，这个是如何过滤的？能不能和子代数据一起过滤？

文章 使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

...于一篇21年发表的马铃薯 NRAMP 基因家族文章，在该篇文章中，作者共鉴定了包括马铃薯在内6个物种(马铃薯、拟南芥、番茄、辣椒、水稻和烟草)的共48个NRAMP 基因家族成员，并通过转录组分析对5种重金属(Pb2+、Cu2+、Cd2+、Zn2+、Ni2+...

问题 gff文件中，左侧第一列中，AC. AP. Mt Pt. Syng~是什么意思，并且AC AP Mt Pt scaffold:syng~在cds pep文件中找不到对于序列

文章 IF=4.1|玉米ARF基因家族的泛基因组分析和表达验证

...的重要手段。01—家族成员鉴定文章选取了Hufford等人研究中的26个玉米品种泛基因组数据集作为研究数据，并从Pfam数据库下载ARF的隐马尔科夫模型PF06507。通过HMMER搜索(e<10-5)及Pfam、SMART数据库二次确认，最终共鉴定出35个ARF家...

文章 绘制PCA图时，如何删除图例中图形符号下的字母？

在使用FactoMineR和factoextra包绘制PCA图时，如果图中每个样本显示样本名，那么该图的图例中，图形符号下面会有字母，如下图左；如果图中不显示样本名，那么图例符号下面就不会有字母，如下图右； 解决方法： 在调用fiz_pca...

文章 寿命表法计算中位生存期

生存分析中，一般以中位生存期的显著差异作为一个影响因素重要性的判断标准。 一般拿到生存数据之后，可以基于生存状态，和生存时间进行KM分析，获取中位生存时间。 比如下面的生存分析表（部分截图）： 可以采用...

问题 老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？reads count又有怎样的用途，与前面三个有关系吗？有一篇paper中说，The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗？

问题 求助大佬笔记本购买相关# 现在用一台五年前笔记本，i5，12G（4+8应该不能组成双通道吧），gtx960显卡，无固态。不是纯生信专业，也就做做基因家族分析和转录组分析，如果不想上台式的话，买什么配置的笔记本体感提升会非常大呢？另外如果买macbook的话普通生物软件全不全？毕竟还要做湿实验

问题 如何检测植物中的植原体？

文章 在凤蝶属基因组中的基因进化分析和水平基因转运(HGT)模式

...文章。文章研究了11个凤蝶物种间的进化关系，分析物种中的HGT事件，揭示不同种之间存在的显著差异。” 01 — 基因组获取与注释 从 NCBI Assembly 数据库获取11个凤蝶属不同物种的基因组，并以P.bianor基因组为参考，去提升其...

问题 WGCNA中运行代码不出图

麻烦老师解答一下，这个跟数据量有关系吗？

文章 已知集合交集数量绘制韦恩图

...m 和 eulerr，每个包都有其独特的优势和适用场景，但是其中很多包在处理大量数据的时候都存在一个显著的问题，那就是出图的速度很慢，主要原因是R包计算交集的时间复杂度高：对于 n 个集合，如果每个集合有 m 个元素，算...

问题 手动确认NBS结构域时，在SMRT确认的含NBS结构域的基因数目与已发表文献中的不符

...分析时，最后经过hmm两次搜索一共获得192个基因，在SMRT中确认结构域的时候，最上面显示没有匹配的是10个，然后对下面出现结构域的基因一一检查，发现只有98个有该结构域，发表的文献中是165个左右，有两次文献中是这样。...