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文章 叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

....网站首页如下图，点击 Submit a Sequence ——→ Basic  2.选择上传文件 ——→ Submit 3.点击Tandem Repeats Reportts，即可查看结果 二、结果展示 结果如下图所示，每个区间点开后还可以查看更详细的序列。 表头说明

问题 NJ 树脚本报错

...)+'/outfile','/'+args.outdir.strip()+'/infile') FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '//work/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/outfile' -> '//work/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/infile' 请问如何解决？在使用本地mega建nj树几乎不可能的情况下...

文章 LncBase: 一个预测人类miRNA 靶向lncRNA的网站

...预测模式：基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单：输入miRNA 和lncRNA的编号即可，适合少量的miRNA和lncRNA 预测 3.  支持数据库下载：如果分析miRNA或lncRNA较多的话，可以将该数据下载到本地，在本地进行预...

文章 将perl模块配置到环境变量中

...出现存在两种可能性，1.默认@INC路径下没有安装该模块；2.包含该模块的路径没有存储在@INC中，此时需要我们通过cpan下载相关模块(如果已有不用重新下载)，并将路径添加到环境变量中： 首先，通过perl -V指令查看@INC的内容： ...

问题 基因组注释 genome.chain 文件生成问题

...用 omic 的镜像生成 genome.chain 文件时，出现 KeyError: 'ptg000026l:::fragment_1' 的错误，老师该如何解决？ 下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容： Chr15   29259691        30651746        15      W       ptg000397l      1       13...

问题 保守结构域

...间久远，差异特别大，部分区域比对不上，如下图，最后2条是外群种序列），目前想找整个研究物种的保守区。我的数据集是转录组数据，首先结合busco和orthofinder找出了单拷贝直系同源基因，建树结果与ITS结果不同，然后我又...

文章 diff比较两个文件的内容

...的差异。下面是 diff 命令的基本用法： diff file1.txt file2.txt 这将比较 file1.txt 和 file2.txt 两个文件的内容，并显示它们之间的差异。如果文件相同，diff 命令不会输出任何内容。如果有差异，它将显示差异的具体位置。 $ cat test...

文章 方差分解分析（Variance Partitioning Analysis）

...['P'], env[c('Hb')],env[c('eGFR')],chisquare = FALSE)vpaplot(vpa, digits = 2, Xnames = c('P', 'Hb',"eGFR"), bg = c('blue', 'red',"orange")) 参数 chisquare = TRUE，执行 CCA 的变差分解；默认情况下 chisquare = FALSE，即执行 RDA 的变差分解 注：如果 varpart() 不支...

问题 注释最终的结果不理想 不知道从哪里下手改进流程

补充描述及问题 1.组装软件尝试过wtdbg2（n50：26MB、LAI：7.41）、canu（n50:24MB、LAI：8.77），还没有尝试过quickmerge合并基因组，但这三个版本LAI最高也就8.81，合并后会比最高的高吗？ 2.这是一个植物基因组，重复序列中unknow比例...

文章 perl处理文件路径

...10_Epididymal.fq.gz 则输出 $filename ==> 4910_Epididymal.fq.gz; 2. 方法dirname 只取路径部分，例如 /wangq/project/4910_Epididymal.fq.gz 则输出 $path ==> /share/nas1/wangq/project;3. 方法fileparse是将一个文件的全路径拆成三部分，文件名、目录名...

文章 eclipse当中R插件StatET安装

...ww.walware.de/ 插件地址：http://download.walware.de/eclipse-4.6 2.安装步骤： 手动添加地址安装，点击菜单栏 help>Install New Software： 选中要安装的插件： 然后就可以安装完成。 3.设置R语言安装环境： 提前安装好R，可到R官网下...

文章 苹果系统安装docker MacOS

...ebrew Cask 来进行安装： $ brew cask install docker 安装方法2： 手动下载安装： 如果需要手动下载，请点击以下链接下载 Stable 或 Edge 版本的 Docker Desktop for Mac。 如同 macOS 其它软件一样，安装也非常简单，双击下载的 .dmg 文...

问题 MCSCANX共线性图代码报错

...nager/share/MCScanX/MADS.circle.PNG  报错信息： Reading gff error: 2 Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197) at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)

文章 Science乌龙论文：不好意思，作者把狗狗左右脑弄反了.....

...己去联系修改发声明。 还有一种声明是：关注(Expression of concern) 这是用来提醒读者文章可能不可信，这有可能是撤稿的前奏了...... 最最严重的就是——撤稿 (Retraction) 当研究因为不端行为、造假或是诚实的错误导致结果不可...

问题 perl求助，基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...a.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=split;    $in=~s/$old/$new/;} 这个是网上的perl，out文件是空白的。。求老师看一下