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文章 绘制venn图报错Unexpected parameter length for "category"

...要求是这list中的每元素都有名字。 venn <- list(A,B,C)names(venn) <- c("A","B","C") 这样之后再进行绘制就没有问题了 附: VennDiagram绘制venn图详细参数: https://www.omicsclass.com/article/2259 VennDiagram绘制venn图基本语法: VennDi...

文章 ls常用参数及ls只列出部分目录或文件

...2: ls -F | grep "/$" -F 文件类型(File type):-F可以在每一列举项目之后添加一符号,例如:/ 表明是一目录;@ 表明是到其它文件的符号链接;* 表明是一可执行文件 2.只显示文件 ls -al | grep "^-" 3.只列出前N目录: ls...

文章 抗体开发过程中的常见问题及解决方案详解

...WB检测为何有杂带?   1) 从纯化方式来看:采用ProteinA/G纯化的多抗掺杂有动物本身产生的对其自身抗原产生的抗体,这些抗体在检测中会识别样本中的蛋白而出现杂带,可以采用抗原亲和纯化避免杂带的产生。   2) 从蛋白修...

文章 multi_cox.r 基因表达量做多因素cox分析

...x回归分析,并构建预后模型,以及评估预后模型: $Rscript $scriptdir/multi_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/multi_cox.r       [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...]       [-P predict.time [predict.time ...]] [-c cut.score] [-s see...

文章 Gene ID、Gene Symbol、UniProtKB等ID的转换你会么?

...行基因ID或者名称之间的转换。今天小编就给大家介绍几在线转换的网站。 Uniprot基因ID/名称转换方法1、打开uniprot网站,https://www.uniprot.org;2、点击“Retrieve/ID mapping”,跳转页面进入ID转换界面;3、上传ID列表,选择转换类...

文章 windows 中的docker如何设置容器的内存与计算资源 WSL

...数一样 所以以上我的配置时的是,最大使用内存 2GB、2 核心、不设置 swap 设置完成后,重启电脑,或者 重启WSL  wsl --shutdown 即可

文章 基因组组装质量评估

...研工作者提供了更多资源,组装指标的好坏直接影响着整基因组的质量,而常用的N50指标并不能全方位展示整基因组的质量,那么如何才能检验一基因组组装结果的可靠性呢? 1. 序列一致性评估 基因组由reads组装得到。...

文章 合并不同sample的vcf文件,通过bcftools

...对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便。 分三步:   将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ 10 merge.vcf &gt; merge.vcf.gz -c, --stdout write on standard output, keep original files unchanged -f,...

文章 ggplot2控制百分比坐标

在利用ggplot2绘图过程中常会要求Y轴显示为百分比类型,需要借助包scales 和ggplot2中的函数scale_y_continuous(labels)来控制 譬如绘制相关百分比或者密度频率等类型的图片时可以将对应的数据:小数转换成百分比在坐标轴上显示...

文章 全外显子测序疾病相关基因变异位点过滤标准及参考文献

...理规范(Kalia, Adelman et al. 2017),在此次规范中重新更新了59基因,建议临床实验室一并报告检测中涉及的该基因列表中的检测情况,进一步补充和完善了相关测序结果的报告范围。 【1】Farwell KD, Shahmirzadi L, El-Khechen D, Powis Z, ...

文章 空间转录组数据读取

...单细胞,对于矩阵的读取没啥问题,但是空间转录组多了一图片,那如何处理呢 fq数据 fq数据直接用肯定不行,需要借助软件spaceranger进行预处理,具体操作这里不讲了,见我这篇文章, 空间转录组数据预处理 那么我们处理完以后,...

问题 泛基因家族分析cds提取出现killed

... [root@c4bf00d21ba0  09:33:29 /work/01.cotton_data_prepare]# ll total 1.8G -rw-r--r-- 1 root root  23M Dec 20 15:55 AD4_JGI.annotation.gff3.gz -rw-r--r-- 1 root root 1.3G Dec 20 15:55 AD4_JGI.genome.fa.gz -rw-r--r-- 1 root root 466M Dec 20 16:48 AD4.longest_isoform.gff3 [root@c4bf00d21ba0...

问题 primer批量设计引物时出错,不知道primer的这些参数的最大或最小值怎么知道是多少?如果用下面的这些值的话,怎么调节?

在下面错误中,显示这最大值或最小值不合理,是因为什么,是大于或小于默认的最大值或最小值了吗?如果是,怎么看这参数的最大最小值?还有如果坚持这参数的话,及26,55.应该怎么修改。第二问题是什么?

文章 科研汪必须知道的实验技术,你还差几门?

大家对分子生物学常用的实验有多少了解呢?作为一生物学的研究者,以下的实验技术原理应该知道十之八九。 一、GST pull-down实验 基本原理:将靶蛋白-GST融合蛋白亲和固化在谷胱甘肽亲和树脂上,作为与目的蛋白亲和的支...

问题 微生物多样性分析课程镜像ampliseq-q2运行出错:there is no package called ‘BiocManager’

...征表,输入命令(省略了部分选项): qiime dada2 denoise-paired         --i-demultiplexed-seqs    $workdir/1.import_data/demux.qza   --p-n-threads 2   --p-trim-left-f 29 --p-trim-left-r 18 提示: Plugin error from dada2: An error was encountered while running DAD...