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文章 KEGG数据库-pathway注释信息下载

...下载pathway想的注释文件。主要有3类： 1. KGML 文件： 这个文件是对pathway 进行定义的文件，修改该文件就可以对代谢通路进行改变，比如通过颜色标注一些基因的差异表达信息。访问API地址： http://rest.kegg.jp/get/ko05130/kgml 其中k...

文章 构建遗传图谱---作图群体如何选择？

...锁图谱的前提是建立作图群体，建立作图群体需要考虑几个因素：亲本（父母本的选择）、分离群体类型以及群体大小等。 亲本的选择 亲本的选择直接影响到构建遗传图谱的难易程度及所建图谱的使用价值。一般应从四个方...

文章 ggtree绘图lable显示不全如何调整

...注释软件包，可以读取多种格式（包括newick，nexus，NHX，jplace和phylip）的系统发育树文件并进行绘图。 当使用ggtree绘图出现lable显示不全的情况： p=ggtree(tree, ladderize=FALSE, size=0.3, branch.length="none",layout="circle")+ geom_tiplab(size=4)+ ...

文章 KEGG数据库-pathway对应基因的注释信息下载

...载方式，现在来介绍一下patyway 相关数据的下载方式。这个主要采用KEGG 的API 进行获取，思路如下： 1. KEGG 有那些pathway ?  访问的API地址是： http://rest.kegg.jp/list/pathway 通过该API ，可以获得所有pathway的列表。 2.  pathway 上有那...

文章 lncRNA与基因相互作用的研究思路

...异分析，这样得到的结果会比较多，而且都是相互独立的个体, 我们一般想将两者联系起来。 2. 相关分析 采用共表达网络，比如WGCNA，可以将表达模型类似的基因和lncRNA聚集在一起。 3. ceRNA 网络 基于miRNA的调控作用，可以预...

文章 split_sample.r根据生存数据对样本随机分组

使用方法: usage: split_sample.r [-h] -i input [-e event] [-t time] [-p propotion] [-o outdir] [-n name] The complete data set is randomly divided into training set and test set optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i input, --inpu...

文章 科学分析：国自然的评委都是哪些人？

...你的国自然中了没? 话说，学霸姐姐最近在圈内看到了一个好玩儿的朋友圈截图，给大家分享一下—— 如图： “我爸爸一到三月，脾气就变得不好了。” 开题点睛：一到三月!为何要三月呢?因为那时，正是国自然(NSFC)最紧...

文章 mysql备份数据库恢复导入

...路径）mysql&gt;source /home/abc/abc.sql;方法二：mysql -u用户名 -p密码 数据库名 < 数据库名.sql#mysql -uabc_f -p abc < abc.sql

文章 癌细胞的十大特征

...ability and Mutation） 其一：生长信号的自给自足 在人体这个迄今为止最为复杂的系统中，倘若一个细胞想要改变其现有状态（如从静止到生长分化状态的改变），必须接收到一系列相关指令，这一过程才能进行，就像军队中的令...

问题 gff文件包含gene,cds,exon,mRNA的信息，请问如何获取intron的位置信息。我想知道基因组intron的总长度？

老师，你好，我有个gff文件，但其中只有gene,mRNA,exon，cds的信息，如何获取intron的位置信息，我想写个脚本获取基因组intron的长度，请问老师思路大概是怎么样的？谢谢老师

问题 自己LDdelay时，绘制不出图且ld.bin.gz和ld.stat.gz文件大小只有1kb，请问问题出在哪里？

利用《群体遗传进化课程》提供的原始数据，步骤如PCA，structure等都能重复出结果，但LDdelay绘图时，出不了图。 教程中此步本应该输出更多文件，包括LD绘制图，但是实际只输出了以上3个文件。

文章 论文重复部分如何自动修改？！

...能被定性抄袭或者学术不端，前期给大家分享过好用的几个论文查重网站，感兴趣的可以点击此链接查看：论文查重？给你推荐几个好用的网站！；其中Plagiarisma网站小编是比较喜欢的，该网站主打查重和语法检查，注册后可免...

问题 RNAseq有参转录组分析差异表达分析免疫亚型之间差异表达这一环节出现以下问题

#, S1 为免疫侵润高组 DESeq2Rscript $scriptdir/deseq_analysis1.r  -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv \   --fdr 0.01 --fc 2   -m normal_vs_tumor.compare.txt -t group\   --case tumor --control  normal -p normal_vs_tumor.deseq#免疫亚型之间差异表达, S1 为免疫侵润高...

问题 我在利用GATK进行SNPcalling前对bam文件进行Markduplication时，运行命令后，并没有生成去除重复reads后的bam文件，请问是什么原因？

在进行双亲和混池四个样本的比对分析后，转换成排好序的bam文件，然后利用GATK进行标记重复reads时出现如下情况，没有生成标记后的bam文件，求指教

问题 利用GATK 分染色体call 变异时出现错误

... Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do   echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \     -R $REF \     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \     -O ${i}.${Chr}.g.vcf.gz \     --max-alternate-alleles 4 \     --sample-ploi...