文章 JGI-IMG微生物功能基因组数据库介绍

...t GenomeInstitute，JGI）于2005年创立，是综合的微生物基因组数据库及比较分析系统。IMG收录了细菌、古菌、质粒、病毒以及少量真核生物基因组数据，其数据主要来源于NCBI的RefSeq数据库，但是增添了更加详细的注释信息，例如CRISP...

问题 老师，请问泛基因家族成员鉴定中，hmmer结构域搜索；；我有两个结构域，而hmmersearch一次只能筛选一个结构域；请问如何筛选同时含有两个结构域的呢；请问这两条指令如何修改？

...mmer结构域搜索；；我有两个结构域，而hmmersearch一次只能筛选一个结构域；请问如何筛选同时含有两个结构域的呢；请问这两条指令如何修改？hmmsearch --domtblout ./${ind}.CDPK_hmmerOut.txt --cut_tc ./CDPK.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta和grep -v "^#" ${i...

问题 附图，，，，请问阈值太大了怎么筛选

问题 cytohubba筛选hubgene

wgCNA一个模块中找hub基因 我把cytoScapeinput-edges文件输入cytoscape中 用cytohubba计算 但是每次出来的结果都不一样 试了很多遍也不行 求解答 谢谢！

问题 关于TajimaD的筛选问题

...将同一区间栽培品种的value值除以地方品种的value值后再筛选呢

问题 转录组测序cleandata的筛选标准是什么？

问题 老师，我想问一下，我的E值有好多是0，这怎么筛选啊！

老师，我想问一下，我的E值有好多是0，这怎么筛选啊！

文章 转录因子研究方法！

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 筛选两个结构域

hmmsearch --domtblout WRKY_hmm_out.txt --cut_tc WRKY.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa 这是上课讲的hmm筛选出一个结构域，如果想筛选出两个结构域同时存在的应该怎么写脚本

文章 相关性分析及热图绘制-脚本使用

...为了方便感兴趣的学员小伙伴想复现这个分析内容，我把数据和代码一并打包，免费供大家使用学习。只需要如下几步，即可获得下载链接。1、关注生信博士公众号；2、转发本文章至朋友圈，并截图；3、在公众号菜单栏回复朋...

问题 保守结构域

...是外群种序列），目前想找整个研究物种的保守区。我的数据集是转录组数据，首先结合busco和orthofinder找出了单拷贝直系同源基因，建树结果与ITS结果不同，然后我又在Pfam数据库中搜索了保守的结构域，用氨基酸建树，结果还...

问题 基因家族成员的筛选

麻烦咨询一下大家：我的基因家族根据HMM模型搜索得到，因为家族是一个外泌蛋白家族，根据NCBI-CDD都有保守域，那我可以根据预测信号肽的方法来去除一些没有信号肽的序列吗？这样做有意义吗？

问题 GWAS筛选阈值设置

For SNPs, we set the thresholds as −log10(P value) = 6, 6, and 4 for litter size, numbers of horns and nipples, respectively. 请问，这种自选的阈值，怎么选择呢？为什么有的是6有的是4呢？

问题 老师，这个筛选步骤每个基因组只有一个基因，后面提取可靠基因家族成员的蛋白全长序列正常，提取可靠基因家族成员的结构域序列这一步也是只有一个，是我前面的步骤出错了么，筛选前还一切正常，

这一步只有一行基因 这一步也是只有一行 这一步生成的文件正常

问题 hmm筛选到好多基因，该如何设置E值