文章 Seqkit，一款好用的蛋白质翻译软件

...理软件被大家熟知： 比如，subseq提取： seqkit subseq --bed x.bed x.fasta #根据bed文件提取序列 seqkit subseq -r 1:12 x.fasta #提取每条序列的前12个核苷酸 fastq到fasta的格式转换： seqkit fq2fa x.fq.gz -o x.fa.gz 以及建索引： seqkit faidx x.fa 查...

文章 gbff 格式注释文件转换成gff3注释文件格式

...令perl bp_genbank2gff3.pl  file .gbff   方法 1： 使用GFF_toolshttp://biowiki.org/wiki/index.php/Gff_Tools点解上方找到链接，进入后，找到Genbank to GFF 进入。如下图： #将复制的代码贴到以 .pl 结尾的空白文件当中vi gbff2gff.pl# 运行下面...

问题 Error in seq.default(grps[start] + 1, grps[start + 1] - 1) : 'from' must be of length 1此外: Warning messages: 1: In file(con, "r") : InternetOpenUrl失败:’不能连接到吊销服务器，或者未能获得最终响应。' 2: In readLines(...) : 读'http://bioconductor.org/config.yaml'时最后一行未遂

在rstudio中运行 BiocManager::install("TCGAbiolinks")，迟迟无法下载数据，并显示上方错误，请问怎么解决

文章 组装好的基因组通过agp文件得到contig序列

Normally folks would like to lift over from contigs to scaffolds/chromosomes.https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/ALLMAPS%3A-How-to-lift-over-gene-annotations But, you want the reverse mapping here so we'd need to swap the AGP file. python -m jcvi.formats.agp swap assembly.agp This generate...

文章 多组学联合分析—桑基图

...twd("~/work/07.lh") #读入数据 gene <- read.delim("gene.kegg.result.txt", sep = "\t", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) meta <- read.delim("meta.kegg.result.txt", sep = "\t", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) head(gene) head(meta) 读入基因kegg富集分析结果和代谢...

文章 Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)

...s, genomes are masked differently by MAKER2 when comparing to our approach of using RepeatMasker/RepeatModeler for BRAKER2. MAKER2 runs RepeatMasker internally. Subsequently, MAKER2 does hard-masking of all interspersed (complex) repeats while low-complexity (simple) repeats remain soft-masked. Bord...

用户 X~~单眸

用户 Dr.X

用户 X&F

话题 x轴y轴颠倒

文章 R及R包的更新、移除、卸载

...Rcpp为例： detach(""package:R包名"", unload=TRUE)#detach: remove it from the search() path of available R objects; unload=T: to attempt to unload the namespace when a package is being detached. 如果要移除所有已加载的包，可参考https://stackoverflow.com/questions/7505547/detach...

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...tadir/${i}_1.fastq.gz -2 $datadir/${i}_2.fastq.gz  2>$i.hisat2.log| samtools sort -@ 10 > $i.hisat.bamsamtools index  $i.hisat.bam  #建立索引方便后续可视化stringtie $i.hisat.bam   -p ${threads}   -o $i.rnaseq.gtfdone#单端read#hisat2 --dta --new-summary -p $threads -x $genom...

文章 ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：

... x=Count) ) +   geom_bar(aes(fill = Class),width = 0.6) +  ylab("Number of Gene family") +  xlab("Frequency") +   scale_x_continuous(breaks=1:sampleN)+  scale_fill_manual(values = family_color,  # 设置颜色                     name = NULL,  # 不显示图例标题  ) +  scal...

用户 M_____X

问题 GEO boxplot和密度分布图的绘制

利用boxplot（exprSet，col= cols , main ="expression", las =2）得到上图结果，通过加入outline= F，可以纠正错误。 但是我数据整理后，进行密度分布图的时候， 出现上图的问题， 不是很熟悉ggplot2，不知道代码哪里进行修改。 P_density...