问题 docker启动不了，指令输进去也运行不了

文章 把正在运行的任务提交后台

...把正在运行的任务提交到后台运行： 1.首先把任务暂停 ctrl+z 2.然后bg指令挂起 这时如果直接退出终端任务依然会停掉，所以 3.使用disown命令将任务从终端的管理中解除： disown %1#%1是指解除第一个任务的管理，想要直接释...

文章 compare_stat_boxplot.r metadata中变量分组T检验比较并绘制box图

使用说明： metadata中按列分组，做差异比较分析，可以利用 merge_tsv_files.r  或者  merge_metadata_genexpdata.r  将比较的信息合并到metadata中： usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/compare_stat_boxplot.r       [-h] -m filepath -v variate [...

问题 eclipse 安装好了，也打开了，不过安装不了Perl和pydev.既不显示，也下载不了

问题 indel引物设计

...列啥的。可以直接用这个转换成vcff文件用么？我咋转换不了

文章 25天破解“粮食杀手”草地贪夜蛾基因组

...文章写作，我们通常就算做个转录组小实验也得两个月，为啥呢？其实在测序公司做项目，主要时间是花在排队上。转录组实验从样品寄送、RNA提取、建库、测序、数据分析，每一步都得排队。 小编算了一下，如果每一环节都...

问题 老师，请教您一个关于通过序列号直接下ncbi上批量下载蛋白序列的问题，一般序列号都可以通过NCBI自带的Batch Entrez网站下载，但是我这个蛋白序列号不知为啥不能下载，下载结果失败图片在下面，麻烦老师帮忙。

原序列文件： Batch Entrez网站下载结果：

文章 blastall 参数详细说明

...pectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠。-o :查询结果输出文件名-m: 比对结果显示格式选项，缺省值为0 ，即pairwise格式。另外还可以根据不同的需...

问题 老师，我想问一下BSA分析实操课程中qtlplot这个命令是一个脚本吗 qtlplot -v qtlseq.RS-blast.clean.vcf.gz -r HitomeboreWT --bulk1ID S-bulk --bulk2ID R-bulk --N-bulk1 20 --N-bulk2 20 -m 0.3 --out qtlseq_SR-blast

文章 linux清屏的几种方式

...或 reset命令清空当前屏幕2.快捷键也能实现相同的功能：ctrl + l(小写的L)3.经常会遇到这种情况：在命令行窗口输入了很长的一段命令加命令参数，却发现输入错了，想清空怎么办呢 ?清空当前输入快捷键：ctrl + u

问题 TCGAbiolinks包

按老师给的代码，用R下载不了TCGAbiolinks

问题 mapman，mapping出现问题

我用蛋白序列做的注释，原文件基因ID后面多了“.1”，注释前用excel里的替换全部删掉了。注释完的结果，ID中的大写全部变成小写，然后用excel替换全部改掉。之后上传mapping，但是一直出现如图的提示，然后说pathway没有展示基...

问题 SNP获取

老师，群体遗传中使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l查看不同样品共获得多少SNP，那如何查看每个样品各自拥有多少SNP呢？在该文件SNP_gene_ann.stat中可以查到每个样品的SNP，但是总数和使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l获得SNP...

问题 询问vcf文件生成SNP表时一些问题

...想生成SNP表来进行GWAS分析，我有一下几个问题： 1.REF和ALT如果显示碱基数量大于一个，但是只有一个有差异，那我在生成SNP表格的时候是按照那个不一样的表示吗？ 2.关于样本的命名：每一个前面都有sm的标号，这个文件里有1...

文章 linux的简单命令（二）

...yangsm.txt的一个文件 2：在vim文件中如何退出 a、Escb、ctrl+；#可以加上 如：wqc、q #其中q表示退出，q!#表示强制退出 2：下载软件 wget +链接 3：cat命令 一次性显示整个文件的内容 cat+file.name+|+tac#表示事先在文件file.name中...