indel引物设计

进入虚拟机之后,按照老师的文件走一遍流程,很顺利。

但是换成我自己的就运行不出来了,我有几个小问题,实在不太清楚,麻烦老师帮我解答:

1.fa文件需要这个物种的全基因组么?

2。indel的vcf文件怎么获得的?我有一个excel的文件,里面有indel位置、序列啥的。可以直接用这个转换成vcff文件用么?我咋转换不了

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你的indel 是基因组上的吧;

如果是,indel两边的序列需要到基因组上截取,所以需要整个基因组;

vcf文件你看看,自己转换;

引物设计和vcf文件获得可以学习重测序课程;https://zzw.h5.xeknow.com/s/1VQOjQ 

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  • 星系~ 提出于 2022-05-08 12:53

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