4月份我提问过一个类似的问题。一个老师说:“分染色体运行后,你需要用GATK的CombineGVCFs合并结果 ,先按染色体合并样本,最后合并不同染色体的vcf文件”。这个具体是怎样操作的,能不能写一下命令。
参考这个:gatk 对多个样本的g.vcf文件进行合并、进行变异检测 - 小鲨鱼2018 - 博客园