circos绘图

老师您好，我分析的基因家族的一个成员是未挂载到染色体上（MdoScaf049s0015），但是进行共线性分析时，发现有两个成员和未挂载到染色体上（MdoScaf049s0015）的成员是大片段复制基因对（MdoChr03g1975:MdoScaf049s0015 MdoChr11g0239:MdoScaf049s0015 ）。由于不知道未挂载到染色体上（MdoScaf049s0015）的染色体长度信息，那么我绘制圈图时是不是就可以不绘制这两对大片段复制基因对了。

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分类：基因家族分析

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rzx 2天前

如果有基因对信息的话，最好还是绘制出来。

关于scaffold序列长度信息，通过代码“

## 获得染色体长度

seqkit fx2tab --length --name ../01.data_prepare/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz|awk '{print $1,$NF}' >genome.len

” 是可以得到的，如果scaffold序列是在Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz文件中的话。

生信小白 - 研究生 2天前

老师您好，我得到了scaffold序列的长度，获得了karyotype.txt文件，并把不相关的其他scaffold序列删除。然后我画图还是不显示sca的信息啊。还需要改啥文件吗？

circos绘图

2 个回答

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