10 LTR注释结果

老师您好,我一个9G左右的基因组,公司给我注释出来LTR大概占比了4G左右;但是我跟着组学的课程,自己用LTR_Finder,LTRharvest,LTR_retriever这三款软件对LTR进行注释,最后在.LTRlib.fa 文件的结果显示的LTR序列总长才23Mb。23Mb和公司注释出来的4Gb也相差太大了吧,,况且一个9G的基因组,LTR也不太可能只有23Mb吧。这其中是有什么说法吗?期待老师的解答

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

.LTRlib.fa 不是基因组上所有的LTR序列,而是唯一的LTR的序列;这些序列在基因组上重复,公司的4G是把重复都算上,你理解错误; 

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  • 提出于 2024-04-01 20:36

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