基因家族分析时用大豆gff文件报错 killed

老师您好,我在进行大豆基因家族鉴定时,数据准备过程中想要进行“保留蛋白编码基因”出现报错“=> Version of the Bioperl GFF parser selected by AGAT: 3

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      2584646                                                                                    2594645  .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:2584646..2594645"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      3662790                                                                                    3672789  .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:3662790..3672789"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      7056055                                                                                    7066054  .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:7056055..7066054"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      7287448                                                                                    7297447  .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:7287448..7297447"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      15099406                                                                                   15109405 .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:15099406..15109405"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      16316238                                                                                   16326237 .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:16316238..16326237"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      26957097                                                                                   26967096 .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:26957097..26967096"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      29343425                                                                                   29353424 .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:29343425..29353424"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      30648329                                                                                   30658328 .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:30648329..30658328"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      34640467                                                                                   34650466 .       +       .       external_name "CM000834.3:assembly_gap:34640467..34650466"  ; logic_name ena_assembly_gap

gff3 reader error level1: No ID attribute found  ************** Too much WARNING message we skip the next **************

Killed”请问对于这种没有ID的情况我应该怎么处理呢,谢谢老师

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

电脑内存不够系统自动Killed 杀死了,

docker 内存设置:https://www.omicsclass.com/article/1413


请先 登录 后评论