TCGA临床数据下载报错 “start tag expected ,'

TCGA临床数据下载报错 “start tag expected ,'<' not found [4] ”

在下载完临床数据之后

执行clinical <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "patient",directory = DataDirectory)

出现上述错误，我尝试修改文件目录，也不行

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分类：TCGA

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1 个回答

microRNA 2018-07-11 10:39

这个的原因是，临床信息非常的复杂，有不同格式的文件，而我们需要下载的patient对应的格式只有XML格式，所以需要在GDCquery 时指定file.type="xml" 即可。

project <- "TCGA-COAD"
data_category <- "Clinical"
data_type <- "Clinical Supplement"
file_type = "xml"
legacy <- FALSE

query <- GDCquery(project = project,
                  data.category = data_category,
                  data.type = data_type, 
                  file.type = file_type,
                  legacy = legacy)

TCGA临床数据下载报错 “start tag expected ,'<' not found [4] ”

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