好的谢谢老师 看了几篇别人做的我这个基因家族分析 没有看到共线性的说明 可能是真的没有
老师您好:
我是根据docker课程学习基因家族,做自己的物种,共鉴定到22个HSP70基因,,到MCScanX的时候,使用excel的vlookup函数,找到一对串联重复的基因,但是没有大片段复制的基因,作图时也没有红色的线条,,,使用脚本perl /biosoft/MCScanX/MCScanX/downstream_analyses/detect_collinearity_within_gene_families.pl -i HSP70_family.txt -d mcscan/FN.collinearity -o HSP70.collinear.pairs,,,,最后HSP70.collinear.pairs文件里只有一个HSP70,其他啥也没有。
这种没有大片段复制的基因存在 是正常的吗。
下面是我的HSP70.collinear.pairs。