使用 singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda activate picrust2 命令激活picrust2功能的问题

老师，你好！在使用 singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda activate picrust2 命令激活picrust2功能时，会遇到如下图片所示意界面，按照提示运行singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda init <powershell>，重新进入服务器仍然是如图提示内容，请问应该怎么解决？attachments-2022-11-dmaqKbAX6374da983f166.png

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

singularity 里面没法激活环境；

你可以试试用命令的绝对路径运行，试一试 例如： 


singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif /biosoft/miniconda/envs/picrust2/bin/picrust2_pipeline.py


这样 conda 那条激活环境的命令不用运行了；

其他关于 picrust2 的命令也一样加绝对路径运行

这个方法没有测试过，如果可以 或者不可以麻烦反馈一下，谢谢

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  • 提出于 2022-11-16 20:49

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