annovar报错问题

您好,请问您annovar的报错问题:

Died at /data/home/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677

如何解决的呢?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS


有些参考基因组里面有一些 ambiguous 碱基 ,ANNOVAR处理不了,这是作者的回答:https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/misc/faq/ attachments-2023-10-cynGUxGh6520ba8b54bf6.png


解决办法就是将  ambiguous 碱基根据IUPAC :(https://www.omicsclass.com/article/409 )编码替换成一单个碱基;



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