GATK生成的vcf文件基因型有不是二倍体的（基因型只有一个值），该怎样理解和处理这些SNP? - 组学大讲堂问答社区

GATK生成的vcf文件基因型有不是二倍体的（基因型只有一个值），该怎样理解和处理这些SNP?

正常的基因型值为0/0 1/1 但图中显示的一些个体的snp只有一个1，后边紧接着跟的还有碱基，搞不懂，请大佬们指点！

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分类：重测序

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2022-03-22 16:43

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

没遇到过这样的问题，你是学习我们的课程命令得到这样的结果吗？

你截图不全可以把format列也截图看看的

七夕后21天 2022-03-22 16:58

是我自己数据提取的SNP遇到的问题

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七夕后21天提出于 2022-03-22 15:32