我想问一下公司的cleandata怎么导入到qiime2里面去,原始数据我会 建一个rawData_manifest,但是cleandata只有一个fastq文件了。

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

合并后的clean tags 导入qiime2:

manifest.txt文件准备:

sample-id       absolute-filepath
C2      /share/nas1/DATA/C2.fastq
C1      /share/nas1/DATA/C1.fastq
导入命令:
qiime tools import   --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' --input-path manifest.txt  --output-path demux_joined_filt.qza --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2


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淘淘
export share_nas1=/work/data
manifest=$workdir/manifest.ckd.txt 像这样的单个文件测序数据所在的路径,并export为全局变量这样设置对吗,为什么会出现这样的问题
attachments-2024-02-pSBDdKss65daa593c31e6.png
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