我想问一下公司的cleandata怎么导入到qiime2里面去，原始数据我会建一个rawData_manifest，但是cleandata只有一个fastq文件了。

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分类：宏基因组

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淘淘 2024-02-25 10:28

export share_nas1=/work/data

manifest=$workdir/manifest.ckd.txt 像这样的单个文件测序数据所在的路径，并export为全局变量这样设置对吗，为什么会出现这样的问题

omicsgene - 生物信息 2021-11-12 16:53

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

合并后的clean tags 导入qiime2：

manifest.txt文件准备：

sample-id       absolute-filepath
C2      /share/nas1/DATA/C2.fastq
C1      /share/nas1/DATA/C1.fastq

导入命令：

qiime tools import   --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' --input-path manifest.txt  --output-path demux_joined_filt.qza --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2

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