老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢 - 组学大讲堂问答社区

老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢

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分类：基因家族分析

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2020-12-28 13:03

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

要建立自己的模型，选择可靠的，这些不完整的手动删掉就可以；

萝卜少少 2020-12-28 16:26

再请问一下，删除这些不完整的有没有标准呢？比如说完整率达75%以上？我查文献的话，blast方法是有人用75%的匹配率来筛选。谢谢

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萝卜少少提出于 2020-12-28 10:02