怎么利用公开的转录组做基因家族的表达分析,还有GEO和SRA的区别是什么?

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

GEO一般收录基因芯片的表达数据,但是也有高通量的测序数据上传到了GEO,具体的数据你需要查看说明;

SRA为NCBI提供的专门收留高通量原始测序数据的一个数据库,好多杂志要求发文是公开数据那么作者一般会上传NCBI的SRA数据库;


一般做基因家族分析,最后可以利用转录组数据,看看基因家族成员的基因表达模式等等;

如果要利用SRA数据,你需要做原始数据到表达量的数据分析,建议学习课程:二代测序转录组数据自主分析

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