3 -bash: SNP/S126-R132.HaplotypeCaller.log: No such file or directory

运行

nohup ./gatk --java-options "-Xmx4G -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeCaller -R /home/qianyuyuan/HAU/HAU.fa -I /home/qianyuyuan/mapping/S126-R132.MarkDup.bam -O /home/qianyuyuan/SNP/S126-R132.gvcf --emit-ref-confidence GVCF -stand-call-conf 30 >SNP/S126-R132.HaplotypeCaller.log&

产生错误:-bash: SNP/S126-R132.HaplotypeCaller.log: No such file or directory



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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

都已经提示了 最后的输出目录不对,你检查当前目录下有SNP目录吗?

linux基础不好建议学习:linux系统使用

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