5 三代全长转录组,转录本去冗余问题?

无参物种或者参考基因组较差时,有没有好的建议,去冗余?

请先 登录 后评论

最佳答案 2018-09-14 08:27

1. 一般三代测序的数据,采用官方的isoseq 流程分析就可以了。该流程能将转录本进行一定的聚类和去冗余。 
2. 当然,如果要对聚类出来的高质量转录本进行基因家族聚类(可以理解为多个转录本,来自同一个基因,

3.  如果是无参物种的话,可以采用Cogent 软件进行转录本的聚类。

4. 如果是基因组还不完整的物种,可以先将转录本比对到基因组上,比对上的转录本进行聚类, 没有比对上基因组的转录本,再进行单独的聚类,之后合并在一起

请先 登录 后评论

其它 0 个回答

  • 1 关注
  • 0 收藏,5677 浏览
  • 提出于 2018-09-04 09:22