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xun - 电路元件工程师

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49 个回答

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在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误...

你的上一步,bowtie应该报错了,你看看这个文件,$workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}.bowtie.map.log里面咋说的,是不是你的宿主文件写的不对?

回答于 2天前

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lefse分析细节

不对,应该这样说,lda score, 代表的是一个物种在区分某组和其他组时的能力大小丰度很低低的lda score也高,只不过坏处事你不知道他到底是高还是低,所以可以结合那个丰度图看,就是不同组相对丰度的图

回答于 4天前

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想咨询一下老师,这个图大概是咋做出来的,应该用到什么样格式的...

这个一般是分箱之后,每个属菌都去挖掘一下功能汇总一下,,然后这些功能和他们对应的这个功能类别,用桑基图连起来就行因为级别比较高,所以组装以后的数据注释一下,得到物种,功能对印关系也能做

回答于 4天前

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宏基因组基因定量salmon

他说的索引是这个RAPMAP格式,但是这个应该是老版本salmon的,你试试重新构建一下缩影,用这个1.9版本的,要是还有问题就去我们那个docker里跑这一步,有的时候依赖处理不了换个环境就好

回答于 2025-03-07 09:33

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想请教一下 cds.TEM 数据 ,然后也得到了cds里的名和KO0001表对...

用data.table包的fread,读的很快,一百万行大概几秒就行如果数据再大,上亿行,就逐行读取吧

回答于 2025-03-03 11:16

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请问这个是中间文件吗,注释成功后,就可以删除掉,节约空间,是...

对的,其实需要的文件没几个,你看看后续如果没用到,那就可以删掉的

回答于 2025-02-28 11:37

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组装后的cds.fa文件进行Kegg注释

KofamKOALA和付费购买整个数据库,对于pathway部分没啥区别eggnog侧重于进化关系来推功能,一般宏基因用这个结果会好一点,坏处是他的数据库老一点KofamKOALA用的hmm,特异性高,更严格 保守代谢途径基本差不多,物种特异的功能eggnog结果多一点,收费的一般用不上,对富集基本没影响

回答于 2025-02-27 16:48

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请问可以同时运行2个terminal吗,在内存和存储还有cpu都有剩余很...

当然可以,你这样是更有效率的,我这里用的是循环,所以资源占得少,后面应该会讲到并行,如果是并行运行的,资源会占得非常多,那就不建议这样操作了

回答于 2025-02-26 16:13

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请问这2个sam文件对后续有什么帮助吗 占用内存太大 想删掉 不...

可以删除,这些是中间文件,储存序列的比对信息的

回答于 2025-02-24 16:58

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想咨询一下,我有1批宏基因组数据,可不可以样本对半,分成2次进...

这个一般来说不用,你分两次处理那差异更大,后面更没有可比性了,单样本处理本来就不太关心大家的关联性的 如果是完全不相干的那直接分开做就行

回答于 2025-02-19 16:39