62 个回答
对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，...
beta多样性分析,常用的距离比如bray不需要抽平,如果要用欧式距离就抽吧alpha多样性要抽平,抽平数据和相对丰度没有本质区别,前者会损失数据,所以要看损失的多少决定用不用功能分析用那个tpm 的,不抽平
回答于 2025-05-27 15:50
课程里使用bracken对kraken结果进行修饰我发现全部都注释到种水...
bracken原本就是对kraken 的结果的一种修饰,比如一些只分到genus 的级别的片段,他其实应该分到物种,简单来说braken就是按照贝叶斯算法把这些片段的丰度按比例加到种级别类似的,具体的工作原理你可以看一下bracken的那个文章Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, Salzberg SL. 2017. Bracken: estimating species abundance in...
回答于 2025-05-27 11:21
基因注释后进行β多样性分析时报错
这个beta.sh是一个简化的shell代码,这个beta多样性分析和物种那边的beta多样性分析是一样的,你可以一步一步执行看看是哪里报错的beta.sh可以直接打开来看
回答于 2025-05-13 16:52
linux终端如何打开一个应用的GUI
没听懂,你的意思的打开一个docx 格式的word文档?需要下载软件比如LibreOffice,yum或者apt直接下就行然后libreoffice GUI.docx就可以前提是你的linux安装的时候装了gui,比如桌面环境
回答于 2025-04-27 09:07
老师上课的内容，为什么我的demo里面没有东西？
里面有东西,但是是软连接这里看不见,没事你不用管,你回到上一级,有个shell那个目录,里面有每一步的sh文件
回答于 2025-04-15 16:48
老师您好，我在进行megahit组装后运行quast.py这段出现报错，查...
15大概率是触发oom了, 就是内存不够,按理说不至于,你的服务器的内存是多少?
回答于 2025-04-07 10:45
老师您好，我测定的是土壤微生物的宏基因组，在进行物种注释时选...
对于复杂环境来说不算太差,一些微生物可能没有出现在微生物的库里,再加上有的dna年代久远,破损比较严重,因为物种注释一般是关注属级别以上的,所以还行然后可以看看数据库的版本,kraken 的更新比较快,要是更新了2,3个版本了,可以尝试下载最新的做一下看看现在最新的好像是24年底的
回答于 2025-04-02 17:49