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如何从TCGA下载长链非编码RNA的数据？
GDC上有TCGA的公开的转录组数据可以下载， 但是转录组数据中其实包括了编码蛋白的基因，lncRNA, 假基因等不同的基因的表达量，可以基于lncRNA对应的基因ID，从中抽提表达量。 可以参考我的文章《从GTF中提取lncRNA的编号和名称》
回答于 2018-07-04 11:30
TCGA有些样本会重复，请问如何处理重复样本？
这种情况是存在的，不过比较少。 遇到这种问题，需要看一下为什么会有重复，这个一般在样本信息中有体现，之后基于研究的目的，筛选研究情况对应的样本。 如果临床信息显示，完全一样，那就随机选一个或者合并取平均
回答于 2018-07-04 11:22
TCGA转录组数据有3中类型，下载哪一种比较好？
GDC上的转录组数据，都是采用HTseq-count 进行定量的，之后再转换成FPKM 和 FPKM-UQ 我推荐采用Count 值，因为： 1. 下游进行差异分析的软件，比如DESeq2, edgeR都是采用Count值， 2. Count值，也可以转换成FPKM和FPKM-UQ
回答于 2018-07-04 11:16
如何在KEGG代谢图上标记基因上下调？
这个可以采用KEGG Mapper 按照下图3步来完成。 1. 如果研究的物种，在KEGG中有注释，那么输入 基因的名称 + 颜色 即可 2. 如果该物种在KEGG中没有注释，则需要采用KEGG的 KAAS进行比对注释，获得基因对应的KO号。 输入KO号 + 颜色
回答于 2018-07-04 09:53
非模式物种，如何做KEGG pathway 分析？
针对KEGG中没有注释的物种，需要将你的基因先与KEGG数据库进行序列比对，找到对应的KO编号，再关联到pathway 上。可以采用如下步骤： 1. KEGG序列比对：采用KEGG的 KAAS进行比对注释，获得基因对应的KO号 2. KO 和pathway对应：可以采用KEGG Mapper 进行分析着色和可视化
回答于 2018-07-03 10:07
fastqc以及FastX-toolkit 的使用
1. 如果不知道一个命令如何使用，可以采用-h 或者 --help 选项来查看帮助，比如：fastqc -h 从这帮助信息我们知道，-o 输出的是目录 ， 所以你的命令应该是,去掉后面的result.zip，这个文件不会产生： fastqc -o ./ --noextract ./sequence.fq 这就会在输出目录参数fastqc 的结果。 2. fastx_barcode_splitter.pl 的使用...
回答于 2018-06-25 09:52