5 非模式物种,如何做KEGG pathway 分析?

kegg 里没有的物种,想做KEGG pathway 分析,请问如何做?

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最佳答案 2018-07-22 07:00

针对KEGG中没有注释的物种,需要将你的基因先与KEGG数据库进行序列比对,找到对应的KO编号,再关联到pathway 上。可以采用如下步骤:

1. KEGG序列比对:采用KEGG的 KAAS进行比对注释,获得基因对应的KO号

2. KO 和pathway对应:可以采用KEGG Mapper 进行分析着色和可视化

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

转录组课程已经更新 , 非模式物种富集分析:https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

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