23 个问题

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• 老师，我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建，我是不是只需要把data数据的基因组和gff文件链接过去，不用再建文件夹下载了，然后一步步做Rstudio的操作么，我需要下载pangenlist里面的哪些文件到自己的服务器？

  1/321

  2025-06-26 17:29
• 老师，我手动生成了domain_final.bed，但是出现了以下情况，检查了相关文件都能打开，我是做成和share文件里domain_final.bed一样的txt格式，然后在FZ上加后缀bed改为bed格式，请问哪里有问题

  1/317

  2025-06-25 22:04
• 老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文件正常，前一步生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，这该怎么办

  1/295

  2025-06-23 20:19
• 老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因，代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码，前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

  1/338

  2025-06-22 18:10
• 老师，这是我做提取可靠基因家族成员的结构域序列用到的文件和代码，不知道哪里除了问题导致domain_final.bed只有一个基因

  1/412

  2025-06-12 19:00
• 老师，这是我的gene.list和其他文件的基因，不是只有一个，而且也能对上，但是做domaindomain_final.bed的时候就只有一个基因，我试了WRKY和FAE1这两个家族，都会出现这种情况

  1/357

  2025-06-11 20:05
• 老师，我每次做“提取可靠基因家族成员的结构域序列”，提取出来的基因就变成了一个，之前正常的例如WRKYgene.pep.fa也相应变为一个了，请问老师，是我WRKYgene.list文件有问题么？但是生成pep是正常的

  1/403

  2025-06-05 02:05
• 老师，这个筛选步骤每个基因组只有一个基因，后面提取可靠基因家族成员的蛋白全长序列正常，提取可靠基因家族成员的结构域序列这一步也是只有一个，是我前面的步骤出错了么，筛选前还一切正常，

  0/382

  2025-06-04 14:51
• 老师请问，怎么把这些文件像您一样做成一个文件在数据库里确认结构域

  1/445

  2025-06-03 23:45
• 我改正了这些错误，但是还是无法把data里的数据软连接道01 data prepare上，不知道哪里出错了，基因文件和gff文件没有问题

  1/362

  2025-05-30 17:43