LD衰减分析

回答于 2024-03-29 10:10

KEGG和GO富集分析报错问题

猜测是不是geneID的原因？我把结果下载下来，在表格里手动是可以找到基因对应的KO号和通路的，但是这里报错--> No gene can be mapped....

回答于 2024-03-25 23:30

请问老师，对基因组数据进行处理，保留最长转录本为何会出现一个...

不好意i是，截图太大好像没有上传，我复制一下文本叭：NC_063997.1Gnomonfive_prime_UTR41690204169029.-.ID=nbis-five_prime_utr-5896;Parent=rna-XM_038109278.2;Dbxref=GeneID:105391084,Genbank:XM_038109278.2;experiment=COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239];gbkey=mRNA;gene=LOC105391084;product=phospholip...

回答于 2024-03-22 20:20

非模式物种建库进行GO和KEGG富集分析

Rscript $scriptdir/eggNOG/kegg_enrich.r -l RODgenelist.txt -n Px.eggnog/kegg.pathway2name.tsv -g Px.eggnog/kegg.gene2pathway.tsv --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicscl...

回答于 2024-03-14 16:59

非模式物种建立注释库问题

用表格打开注释的文件发现GOs一列很多都是空白的？KEGG-ko一列是正常的，几乎都有ko号，请问老师是不是GO注释那一块出现问题了？

回答于 2024-03-03 15:41

有参转录组分析

对了 ，老师，请问昆虫的可以用哪一个？是用pathways_animal.txt吗？

回答于 2024-03-01 10:36

请问老师如何看选择清除分析中的选择信号值？怎么判断受选择基因...

老师，有的基因在pi中受到选择，用Fst计算后就不受到选择了。而且是别人文献中已经鉴定过的基因，这种情况下，是选择哪一种结果呢？

回答于 2024-01-29 09:51

SNP过滤de问题

我上次出现这种情况就是粗心大意忘了把合并的gvcf文件转换成vcf文件，vcftools识别不对就这样了，如果你不是这个原因的话，那就听老师的建议，降低过滤标准叭

回答于 2024-01-08 10:26

请问老师，使用annovar进行注释出现报错，如下：Error: invalid...

Use of uninitialized value $1 in hash element at /mnt/data/home/tycloud/annovar/annovar/2019Oct24/annotate_variation.pl line 1445, <$QUERY> line 3623855. NOTICE: Finished analyzing 2000000 query variants Use of uninitialized value $1 in hash element at /mnt/data/home/tycloud/annovar/annovar/...

回答于 2023-12-29 10:23

请问老师为何绘制snp密度图报错？

有网友说也是文件的问题 但是我没有发现也没有解决

回答于 2023-10-26 15:03