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使用Bwa mem命令时，使用-M和不适用时候，对后续数据分析有影响...
-M一般都是加上的： mark shorter split hits as secondary 兼容reads比对有剪切的情况；
回答于 2024-02-07 10:35
annovar注释snp和indel，在重点关注剪切区的信息时，发现并不遵...
我们这个是按照ANNOVAR软件官方推荐构建的库； 如果出现大量错误，应该是你的vcf用的基因组版本和ANNOVAR库基因组版本不匹配造成的，你检查你的数据核实一下； ANNOVAR前移动一位是正常现象，GFF基因组碱基索引是从1开始，ANNOVAR 基因组碱基索引是从0开始；
回答于 2024-02-02 16:26
Beta多样性分析PCOA/NMDS分析无差异，Adonis检验P值小于0.05，怎...
Beta多样性分析PCOA/NMDS分析无差异 这个肉眼看看的比较主观吧
回答于 2024-02-01 13:11
关于TajimaD计算问题
检查检查你群体里面的样本吧，样本遗传背景差异太大，不属于一个群体有可能导致这样的问题 或者群体数量太少，建议至少10个个体以上吧；
回答于 2024-01-30 12:03
如何对同一进化树分枝的叶节点进行上下位置的改变
进化树的枝可以旋转，你可以到iTOL网站调整自己的进化树结构； 如果还是不理想，建议你重新构建更好更符合自己预期的进化树：https://www.omicsclass.com/article/2010
回答于 2024-01-30 12:01
微生物16S分析时候，两端测序数据拼接
的确差异挺大的；； 看看这几个样本测序配置文件有没有搞错；合并双端数据看看read1 read2 overlap参数放低看看： Usage: qiime vsearch merge-pairs [OPTIONS] Merge paired-end sequence reads using vsearch's merge_pairs function. See the vsearch documentation for details on how paired-end merging is pe...
回答于 2024-01-29 13:12
提取CDS序列失败！！!
还有GFF格式问题，这里的逗号和双引号应该删除，你对比课程里面正常的GFF文件格式； 看看是不是内存不够：https://www.omicsclass.com/question/6544
回答于 2024-01-28 20:34