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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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按照课程中用MEGA建树时,一直建不成功

序列差异太大,所以无法构建进化树,你检查一下时间:这些是不是应该去掉:

回答于 2019-05-29 10:50

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pfamscan的translate选项应该怎么使用

translate命令应该添加到环境变量PATH当中;这个命令应该是在安装hmmer的时候有的: 这个命令应该在hmmer较早的版本中有hmmer-2.3.2,最新版本好像没有,你对应安装一下这个hmmer,然后把路径添加到环境变量中就可以;:

回答于 2019-05-28 18:02

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Blast2go本地化过程中,运行官方文件b2g4pipe_v2.5.zip中“runPip...

blast2GO 本地安装比较麻烦,还涉及mysql数据库设置,出现错误也是很复杂,光看错误不好知道原因,建议先谷歌搜索一下吧;

回答于 2019-05-28 11:34

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perl脚本去除fa文件中ID重复的序列

脚本语法有错误吧,你了解一下perl的语法,张贴可能哪里漏掉了; 最好用editplus等专业的文本编辑器编辑perl脚本语言,不要用windows自带的记事本;

回答于 2019-05-28 11:32

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blast2go注释,报错“Exception in thread "main" java.lang.NoCl...

我用的blast2go v2.5 :输入的是blast的xml文件,你可以参考一下:  java -XX:ParallelGCThreads=5 -cp /share/work/biosoft/blast2go/v2.5/*:/share/work/biosoft/blast2go/v2.5/ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in /share/work/database/ref/Lactobacillus_plantarum/NCBI/WCFS1/ann/Nr_Dir/Gene_longest_trans_c...

回答于 2019-05-28 11:29

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顺势作用元件绘图时,图片有问题。基因id排列顺序乱

建议导出svg或者PDF文件在Adobe illustrator里面编辑会好一些;

回答于 2019-05-27 17:39

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老师你好,我想问一下,我想用其他物种的一条蛋白质序列搜索小麦...

可以使用blast比对:https://www.omicsclass.com/article/269

回答于 2019-05-24 17:05

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求助,如何获取基因与mRNA的对应关系?

这个比较麻烦,需要编程才能完成,可以学习perl完成: perl入门到精通、perl语言高级

回答于 2019-05-24 10:10

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hmmer网站搜索蛋白序列中的结构域,得到几个domain,但是序列范...

不了解这个家族,是不是有包含关系?

回答于 2019-05-23 11:47

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请问有没有鉴定CC结构域的paircoil2的脚本或者什么方法鉴定CC结...

可以到这个网站提交序列获得序列的中是否含有CC结构域:http://cb.csail.mit.edu/cb/paircoil2/

回答于 2019-05-23 11:46