omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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在做MCScan出现了一下问题，求解

你可以先检查一下所有输入文件的路径是否写错；然后再看看文件里面的基因ID是否互相能够搜索到，例如：

回答于 2020-07-29 10:07

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你说的是hmmer搜索之后的结果文件里面的E值吗，这个不同的家族筛选条件不一样，可以看看其他文献设置借鉴一下；筛选的条件不一样，结果是不一样的；

回答于 2020-07-28 16:53

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你下载错了把，怎么数字这么大，我们这里有课程建议你看一下，避免很多弯路浪费时间：GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化

回答于 2020-07-28 12:38

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如果下载的是芯片转录表达数据用limma，如果是高通量测序的转录组数据用DEseq2

回答于 2020-07-27 11:10

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你看看的是哪个视频，这个脚本已经不用了；你再看看视频课程吧：学习链接：基因家族分析实操课程、

回答于 2020-07-27 10:54

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那你重新下载，可能是数据下载不完整, 下载数据参考：https://www.omicsclass.com/article/1060

回答于 2020-07-27 10:52

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再看看，是不是哪里点错了：https://www.omicsclass.com/article/681

回答于 2020-07-27 10:50

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你这个行名是芯片的探针ID，需要通过芯片的GPL信息转换成对应的基因ID，课程里面有讲的：GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化

回答于 2020-07-27 10:48

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这个文件已经是矩阵文件了，行名应该是探针ID，你需要把探针ID通过GPL信息转换成基因ID，GEO课程里面有讲的： GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化

回答于 2020-07-27 10:46

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最后得到基因的表达文件，列为样品，行为所有基因。可以对比一下课程中的输入文件；文件格式一致，代码都一样处理；

回答于 2020-07-27 10:44