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请问老师我做WGCNA这一步TOM = TOMsimilarity(adjacency);卡主不...
这个 没遇到过； 你调整下参数重新运行下，把那变化量不大的基因多去除一下试试；
回答于 2021-07-09 09:57
老师好，R包一直安装失败不知道怎么回事，Bioconductor上的安装...
以管理员权限运行Rstudio 试试，我看是权限问题： R包安装可以设置一下镜像，加速安装：https://www.omicsclass.com/article/106
回答于 2021-07-09 09:54
docker进行文件内容修改
一样的用vi命令就可以，这个课程有详细讲解：https://bdtcd.xetslk.com/s/17gwqZ 你的操作有问题：先按 esc 进入命令模式 ，输入 ： 再输入 wq 保存退出；
回答于 2021-07-08 11:56
sam文件转化bam
sam文件有乱码， 你的sam文件没用正确生成； 重新生成sam文本再往下分析； hisat 比对，你的笔记本 性能不够吧；sam文件生成有问题； 基因组fasta文件中：LG开头以外的序列编号 编码是不是有问题，难道是中文引起的乱码？
回答于 2021-07-07 15:51
获取基因与mRNA的对应关系，注意文件中的位置mRNA的位置； #perl...
你的GFF文件格式不标准，可以参考这里修改一下：https://www.omicsclass.com/article/816
回答于 2021-07-06 17:36
有参转录组比对
hisat单端数据用 -U 而不是 -1 你修改下：http://daehwankimlab.github.io/hisat2/manual/
回答于 2021-07-06 14:09
老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，...
TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq ssGSEA 这几个软件可以计算不同免疫细胞的组成； ESTIMATE 可以评估每个样本中肿瘤纯度，基质细胞得分，免疫细胞得分等； 单个基因的表达量可以和这些免疫侵润值做相关性分析；
回答于 2021-07-06 14:05