omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列...

gff3 文件第一列不可能是基因ID，只能是染色体，或者scaffold ，contig等；你看看文件是不是搞错了。看看格式说明：https://www.omicsclass.com/article/306

回答于 2025-02-08 16:48

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docker网站国内访问不了了；需要镜像可以：联系客服处理：点击联系客服

回答于 2025-02-08 13:41

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泛基因集的构建也选这13个

回答于 2025-02-08 08:57

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上面报错了，没有出结果，你检查输入输出文件路径是不是写错了；

回答于 2025-02-07 09:31

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你的染色体数量有多少，例如可以加个参数设置一下：--chr-set 38

回答于 2025-02-05 09:30

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vcf文件是文本文件，建议你从excel文件复制出来贴到文本文件里面，保存文件名字后缀.vcf

回答于 2025-02-05 09:25

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都可以的，如果是压缩包上传之后解压一下即可；

回答于 2025-02-05 09:24

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自己手动建立一下vcf文件的索引： tabix -p vcf file.vcf.gz

回答于 2025-01-23 17:50

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基因少，你自己用adobe illustrater 软件手动编辑PDF文件标注；

回答于 2025-01-21 10:12

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建库用的参考基因组，和vcf里面的参考基因组不一致，你检查检查，要用同一套基因组，版本也有相同；

回答于 2025-01-21 10:11