软件工具 - 推荐的文章 - 第3页 - 组学大讲堂问答社区

Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)

在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。在Orthofinder结果文件中有一...

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rzx
发布于 2023-06-15 17:33
阅读 ( 8903 )

Minimap2安装与使用

minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序，也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，...

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星莓
发布于 2023-05-12 11:07
阅读 ( 15208 )

叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）

大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及一对IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比...

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星莓
发布于 2023-02-15 15:53
阅读 ( 7456 )

seqkit序列处理神器的常用命令

seqkit是一个序列处理神器，有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令，详细内容如下

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星莓
发布于 2022-11-18 17:22
阅读 ( 9988 )

fastqc质控报告查看

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omicsgene
发布于 2020-04-15 15:31
阅读 ( 13449 )

如何使用NCBI进行blast比对

NCBI的blast功能你了解多少？

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生信老顽童
发布于 2020-03-20 16:26
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evolview 3.0最新更新美化进化树

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omicsgene
发布于 2019-08-06 16:18
阅读 ( 29191 )

ANNOVAR注释变异VCF结果说明

人类常见变异信息注释数据库结果

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omicsgene
发布于 2019-04-29 16:19
阅读 ( 16867 )

FigTree进化树批量修改ID

FigTree批量修改ID

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Daitoue
发布于 2019-01-17 09:41
阅读 ( 15130 )

iTOL修改进化树的标签基因ID名称

iTOL如何修改标签

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安生水
发布于 2018-12-07 10:32
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Adobe Illustrator 无法加载次应用程序的本地化资源文件

Adobe Illustrator 无法加载次应用程序的本地化资源文件可以通过右键选择“管理员身份运行” 后能正常使用

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Daitoue
发布于 2018-10-29 09:27
阅读 ( 9300 )

blastall 搜索比对输出结果 m8或者m9格式说明（blast+ m6格式）

blast 结果说明

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omicsgene
发布于 2018-10-19 12:06
阅读 ( 15069 )

bedtools求交集

bedtools求交集其用法： bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 输入文件是bed格式，至少三列，分别...

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安生水
发布于 2018-10-19 11:30
阅读 ( 8398 )

iTOL绘制好看的系统发育树

系统发育树也称为系统发生树、聚类树或者进化树。它以树状结构表示各个节点的进化和亲缘关系，枝点可以是物种和基因等，在系统发育分析、基因家族和物种进化分析中经常会看到此类图片。

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安生水
发布于 2018-09-07 14:26
阅读 ( 30156 )

做韦恩图？自己搞定！

韦恩图又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的大致关系。小编来介绍几种常用在线绘制韦恩图的工具，简单易学！

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安生水
发布于 2018-07-26 11:08
阅读 ( 31880 )

MEGA构建进化树遇到报错信息

最近又有人遇到mega构建进化树时报错，所以分享一下这个经验给大家。 Oops!MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated.For example,between sequences 23 and 11.

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omicsgene
发布于 2018-06-22 14:21
阅读 ( 40073 )

endnote 如何插入书籍引用

endnote引用书籍的章节。

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omicsgene
发布于 2018-06-22 13:43
阅读 ( 36764 )

MCScanX 安装报错，支持64位系统

今天有学员问 MCScanX 安装问题，我试了下，果然有错误。 make报错： g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX msa.cc: In fun...