常见的OrgDB包,方便对应物种注释

列举了19个OrgDB,物种对应的全基因组注释R包,方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等 物种 OrgDB 按蚊(Anopheles) org.Ag.eg.db 拟南芥(Arabidopsis) org.At.tair.db 牛(Brov...

列举了19个OrgDB,物种对应的全基因组注释R包,方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等


物种 OrgDB
按蚊(Anopheles) org.Ag.eg.db
拟南芥(Arabidopsis) org.At.tair.db
牛(Brovine) org.Bt.eg.db
蠕虫(Worm) org.Ce.eg.db
犬(Canine) org.Cf.eg.db
苍蝇(Fly) org.Dm.eg.db
斑马鱼(Zebrafish) org.Dr.eg.db
大肠杆菌 strain K12(E coli strain K12) org.EcK12.eg.db
大肠杆菌strain Sakai(E coli strain Sakai) org.EcSakai.eg.db
鸡(Chicken) org.Gg.eg.db
人(Humanm) org.Hs.eg.db
小鼠(Mouse) org.Mm.eg.db
恒河猴(Rhesus) org.Mmu.eg.db
疟原虫(Malaria) org.Pf.plasmo.db
黑猩猩(Chimp) org.Pt.eg.db
大鼠,褐家鼠(Rat) org.Rn.eg.db
酵母(Yeast) org.Sc.sgd.db
猪(Pig) org.Ss.eg.db
爪蟾(Xenopus) org.Xl.eg.db
   
注:全基因组注释,由EntreZ对应多个数据ID和信息  



org.Hs.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Human3
org.Mm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Mouse5
org.Rn.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Rat14
org.Dm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Fly23
org.Dr.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Zebrafish26
org.At.tair.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Arabidopsis30
org.Sc.sgd.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Yeast39
org.Ce.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Worm43
org.Mmu.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Rhesus45
org.Bt.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Bovine46
org.Ss.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Pig47
org.Cf.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Canine48
org.Gg.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Chicken49
org.EcK12.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for E coli strain K1252
org.Xl.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Xenopus59
org.Pt.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Chimp62
org.Ag.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Anopheles69
org.EcSakai.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for E coli strain Sakai74
org.Pf.plasmo.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Malaria127
org.Mxanthus.dbEduardo Illueca FernándezGenome wide annotation for Myxococcus xanthus DK 1622737









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  • 发表于 2018-07-05 22:47
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Daitoue
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