5 TCGA-基因差异表达分析课程中您写的perl脚本如何运行?

在您TCGA-基因差异表达分析课程中,数据下载中提取Gene表达量矩阵时您用到了perl脚本,但是视频里您没有将如何在自己的电脑里运行。我双击您写的perl脚本,或者用cmd命令行,都运行失败。恳请您百忙之中予以解答,万分感谢~

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最佳答案 2018-09-16 23:49

1.   你可以看看里面的代码,是需要3个参数   attachments-2018-09-7TDPUvVk5b9e4c7bc8978.jpg

perl gtf_extra_biotype.pl  biotype_classs.txt   gencode.v22.annotation.gtf   gene 

 perl gtf_extra_biotype.pl  biotype_classs.txt   gencode.v22.annotation.gtf   lncRNA 

2. 如果你有兴趣的话, 建议你学习一下perl 课程:

Perl语言快速入门》 和 《Perl语言高级编程

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其它 1 个回答

frank

您好,看了您的视频,获益非浅,但如何创立biotype_classs.txt 这个文件啊?是由这个文件TCGA_CHOL_All_HTSeq_Counts转变而来的么?

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