5 提取上游1500bp报错Bad end parameter (4488)且输出结果不全
老师，您好！我在进行顺式作用元件预测，
利用tiquxulie.pl提取基因上游1500bp，
出现如下报错，且最终得出结果不全，
得到的结果文件如下，有些有ID但是序列为空，有些（RmPMTID_loc.txt中最后3个）连ID号都没有出现在结果里。
RMU_r2.0_genome.fa为基因组序列
RmPMTID_loc.txt为基因位置信息
猜想基因不存在于序列文件中？
但是序列为空的基因如Rmu_ssc0000138.1-g000001.1的scaffold在基因序列文件里是存在的，
且scaffold长度很长，1-1687肯定存在
（难道是以1起始的提取不出上游？（同样以1起始的Rmu_ssc0018303.1-g000001.1也没有序列）
但是这是基因位置，又不是cds位置，应该可以从1开始提取1500bp序列的呀◎ロ◎）
ID为空的基因如Rmu_sc0023300.1-g000001.1的scaffold在基因序列文件里也是存在的, 且scaffold长度3000，
396-2988这个位置肯定是存在的
还望老师指教~
基因位置信息：RmPMTID_loc2.txt
基因序列下载地址：RMU_r2.0.genome
谢谢老师！
最佳答案 2018-09-10 15:39
你得看看你的基因的位置在scaffold的什么地方，基因位置如果太靠近scaffold的开始，那么基因的前面就不足1500bp的序列供提取上游1500bp的序列，所以没有提取成功；
另外，你也说了你的scaffold总长才：1687bp，再加上基因的长度，哪里还能提出基因上游的1500bp?
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