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文章 2019年转录组文章该怎么写?

...简单,没有过多的复杂的补充实验,值得借鉴;下面我们一起看一看这篇2019年转录组文章是怎么写的! 本篇文章采用红豆杉作为研究材料,主要目的是研究紫杉烷类物质不同红豆杉品种中差异积累的机制。 1、实验材料: ...

问题 关于基因组功能注释脚本(interproscan.sh -i interproscan.pep.fa \ -b interproscan.out -f "TSV" \ -cpu 10 -dp -t p -pa -goterms -iprlookup \ -T ./tmp )运行不成功,总是停留84% completed,没有报错,请问要怎么解决?

再次进入容器时是卡主的。log中每小时更新一条信息,均为84% completed,tmp文件夹中不再更新文件。独享服务器(内存300G,28线程),设置了cpu=10,线程数=10

问题 blsatp,我想拿发表文献的基因ID的蛋白序列我自己搜出来的序列($species.gene.pep.fasta)比对。我先是把这两个序列放一起。然后再建库比对。出现问题。怎么办?后来我那个gene.pepe.fasta中选择几个序列发表文献的序列放一起建库比对就能行。原因是什么?我

文章 R语言中实现T检验及可视化

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

文章 qRT-PCR差异分析及P值计算

...布,也就是数据当中有较大的离群值时,可选用非参数秩检验法,如Wilcoxon test,R语言中对应的方法为:wilcox.test()。关于数据类型及检验方法的选择可参考:差异统计检验如何选择。 单样品T检验 例:某鱼塘水的含氧量多年...

文章 R语言-Cox比例风险模型

...应、假性进展,从而导致生存曲线(如PFS)早期就纠缠一起,几个月后才分开,这免疫疗法中会遇到免疫治疗困局:COX模型不符合等比例风险假设怎么办?,这时Cox模型的假设就不成立了 如果事件的终点不止一个,即存...

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包Hmisc包

...到R来计算两组的相关性,常用的有psych包的corr.test()函数Hmisc包的rcorr()函数 一、psych包的corr.test()函数 psych这个包里的corr.test()函数是可以直接计算两个数据集变量之间的相关性的,这个结果里也有显著性检验的p值 输入文...

文章 预测miRNA前体

...对输入reads信息重新整理(将不同样本的reads重新整合到一起);arf文件:比对结果。如果想增加比对结果,可以增加参数-q(比对错配数为1),脚本默认错配数为0 perl mapper.pl mapper.cfg -r 15  -c -j -l 18 -m -o 4 -v -n  -d -p dsRNAseq -s Tot...

文章 预测miRNA前体

...对输入reads信息重新整理(将不同样本的reads重新整合到一起);arf文件:比对结果。如果想增加比对结果,可以增加参数-q(比对错配数为1),脚本默认错配数为0 perl mapper.pl mapper.cfg -r 15  -c -j -l 18 -m -o 4 -v -n  -d -p dsRNAseq -s Tot...

文章 饼图pie-ggplot2

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

文章 最全进化树构建知识点大盘点

...细菌的核糖体RNA,你可以将它跟所有已知的核糖体RNA放一起,然后用他们构建一棵系统发生树。这样就可以从树上推测出谁这个新细菌的关系最近。系统发生树还可以预测一个新发现的基因或蛋白质的功能。系统发生树还分...

问题 求教老师,我做大麦基因家族分析构建进化树时,拟南芥中的已知的成员我大麦中鉴定出的成员分不到一起,拟南芥单独分了一支,没办法做比较,这种情况怎么解决呀

因为这个家族只拟南芥里鉴定过,只有18个成员,我做的亚族只有4个成员。现拟南芥大麦构建进化树的结果没法做比较

文章 怎么得到基因组之间的结构变异结果?​

泛基因组研究中,结构变异(SVs)的检测是揭示物种内遗传多样性的关键环节。相比单核苷酸多态性(SNPs),结构变异能够解释更多的表型差异适应性特征。今天我们就来深入探讨泛基因组分析中结构变异的完整分析流程...

问题 聚类分析后,癌症组织癌旁组织穿插一起

文章 R实现统计中的检验方法---方差分析ANOVA

... 2.分类(按因素分) 单因素方差分析、二因素方差分析多因素方差分析。(单因素方差分析主要对因素的主效应进行分析,而二因素及多因素方差分析除了多组效应分析外,还可对因素间的交互作用进行分析。分析交互作用...