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文章 TGS-gapcloser 安装与使用

...用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。 1. 安装 下载 git clone  https://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser.git 如果已经安装了minimap2软件,在此次软链接一下软件地址 rm -rf TGS-GapCloser/minimap2ln -s MINIMAP2所在文件...

问题 docker安装失败

您好!昨天可能是因为改变了path 或是清理了C盘 还是啥原因 docker打开后 cmd命令不能运行 我就把docker卸了 重装老是失败 提示信息如图 想问问原因在哪 第一次安装完运行一直还可以 我的是win10家庭版 安装过程是严格按教程来的

问题 蛋白3D结构预测时出现非法字符

检查了原文件并没有其他字符,只是蛋白序列最后有*,但是删除仍然出现这个问题,用txt打开再粘贴过去也不行

文章 常用的蛋白标签的功能和优点有哪些?

...序列为YPYDVPDYA的9个氨基酸残基多肽,源于流感病毒的红细胞凝集素表面抗原决定簇,对外源靶蛋白的空间结构影响小, 容易构建成标签蛋白融合到N端或者C端。易于用Anti-HA的抗体进行检测。   3.c-Myc标签   C-Myc 标签蛋白,是...

文章 docker 镜像 中plink 出现报错 segmentation fault

解决办法:1.加大docker的内存:https://www.omicsclass.com/article/1413  2.可能由于编译plink软件的系统和运行软件的系统不同,也就是内核不同可能导致segmentation fault,  这种原因是系统原因的问题只能换个电脑试试;

文章 软件fastsimcoal2输入文件说明

...er小组2016年开发的一种非常灵活的人口统计(Demography)建模软件。 它通过执行合并模拟,使用位点频谱(SFS),推断最适合所观察数据的模型参数。 fastsimcoal2最关键的步骤就是完成自己的配置文件,接下来将会介绍配置文件中需...

文章 linux 编码转换

在linux里面编辑二进制文件有以下两种方法: 1. vim 打开二进制文件: vim -b 文件 将内容转换成16进制: :%!xxd 转换回来: :%!xxd -r  2. iconv  # 将UTF-8编码的wx.txt文件转换为GB2312编码的test01.txticonv -f UTF-8 -t GB2312 wx.txt -o test01.t...

文章 使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

...entrez 准备一个包含全部基因/蛋白编号的文本文件(ID.txt),格式如下: 点击选择文件,选择ID.txt文本文件,database类型选择Protein(如果下载的是基因序列选择Nucleotide): 点击Retrieve,进入如下页面: 点击Retrieve records for XX UID(s)...

问题 TCGA基因表达文件中样本名称和临床资料中的样本名称不一样,如何对应?

基因表达文件中样品名称的格式是“TCGA-QH-A86X-01” 临床资料中样本名称格式是:“TCGA-MP-A4TD”

文章 IF=4.8 | 联合转录组与代谢组分析揭示了硒对百合生长和品质的影响

...因主要参与“结合”和“催化活性”等分子功能,涉及“细胞过程”和“代谢过程”等生物过程,并定位于细胞部分、膜和细胞器等关键细胞结构。此外,KEGG通路分析发现了20条显著富集的代谢通路,精准揭示了硒调控植物生理...

文章 GenotypeGVCFs 运行速度慢解决方法

...TK4的 GenotypeGVCFs 没了设置多线程的参数,直接使用来转换格式的话会非常慢,为了提高效率,可以拆分染色体分别转换为vcf格式,之后使用MergeVcfs 合并所有染色体,命令如下: #多条染色体并行运行gatk GenotypeGVCFs -L Chr01 -R genom...

文章 Logistic回归模型介绍及使用(附脚本)

...话框发送截图; 3、在公众号菜单栏回复logic即可获得单细胞cnv分析及相关图的绘制脚本的网盘链接以及提取码。 如果没有数据分析的基础,不知道从何下手,可以学习一下我们的《医学数据分析环境搭建》视频课程,扫描下...

文章 领取180篇2018年最新基因家族分析类文献(文末领取)

...个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操  2. 2区文章...

文章 安装R包的几种方法

...,主要有如下几种方法: 1. install.package  安装 R官方的软件包 # 直接输入软件包的名称即可 install.packages('pheatmap') # 可以指定repos 参数,设置为国内的R镜像仓库,提高下载速度 install.packages(c('dply','plyr','ggplot2'),repos='http://mirrors....

文章 endnote 插入文献 变成临时 大括号{} 不自动更新文献

...note在word中插入文献时突然 会出现{Garcia-Mas,2012 #1387} 无效格式大括号,或者变成临时文献插入,如下图 其实很简单,只需要选好style,再更新一下Update Citations and Bibliography,就可以了如下 更多生物信息课程: 1. 文章越...