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问题 怎么在表达矩阵数据里一直保留探针ID？

...和GeneSymbol ID,我要的是探针ID,但是探针ID在这一步“"exptemp2 = aggregate(exptemp[,c(1:(ncol(exptemp)-2))], by = list(exptemp$GeneID),mean)”就去掉了，请问这一步怎么设置来保留探针ID，因为这里的探针ID实际上是行名，不知道怎么保留行名？

文章 read.xlsx读取Excel文件

...("read.xls",1) ##sheet对应第一个> sheet1 Samples Num1 A 12 B 23 C 3 > sheet2 = read.xlsx("read.xls",2) ##sheet对应第二个> sheet2 Samples Treat1 A 10 d2 B 20 d3 C 30 d

问题 关于cd-hit这个去冗余工具参数的一些疑惑

我看网上大部分小伙伴用cd-hit 都没有用到-t这个参数 查看了他的帮助文档 意思是：tolerance for redundance, default 2. 没理解这是什么意思，请前辈们有空解一下惑，谢谢！

文章 rocks mysql数据库多实例数据库配置

... /share/work/mysql/3306/mysql.sockmysql> grant all privileges on  *.* to 'root'@'%' identified by 'pwd3306' with grant option;mysql> flush privileges; #6.关闭多实例 [root@db01 scripts]# mysqladmin -S /share/work/mysql/3306/mysql.sock shutdown #7.检查端口 [root@db01 scripts]# ne...

问题 基因家族分析环境变量

...环境变量workdir=/work/my_gene_family scriptsdir=$workdir/scripts/。 2. docker image ls 查看后台镜像显示有“omicsclass/gene-family v2.0”是不是就可以进行基因家族分析了 3. 为啥我运行shell文件中提供的“保留蛋白编码基因 agat_sp_filter_feature_by_at...

文章 NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件等

...点击叶绿体基因组序列号 CM017775.1 点击右上角”send to“，选择file，即可下载多种格式文件，如GeneBank格式的gb文件，基因组序列fasta文件，基因组gff3注释文件等 下载细胞器基因组gtf文件，获取线粒体所有基因名 以上...

问题 如何将提取domain的脚本修改为提取所有domain？

...本提取的是第一个domain，如要提取其他domain，请修改脚本27行$a[9]==1为第一个，$a[9]==2为第二个，依次类推 请问如果想把脚本（script/domain_xulie.pl ）修改为提取所有domain应该怎么修改呢？

文章 解决Rstudio Server卡顿问题

...ons 或者session文件在另一个路径下 rm -rf ~/.rstudio/sessions 2. kill rsession ps -aux #找到session进程PID kill -9 2540169 3.    保持好习惯 ： 经常 清除工作区内不用的变量 清除不用的图片：

问题 circos作图上染色体颜色的设置

...？而且基因家族成员不在这些大片段复制里。不过它们有2对是串联重复就是了。 我的问题是，我做出来的circos图，第25-33号染色体，颜色都是黑色。这个如何设置呢？颜色一样，这样似乎不太好。我想让这些和其他染色体一样...

文章 linux将一个文件复制到多个文件夹

...烦很多 不过和其他命令搭配也可以实现 echo 路径1 路径2|xargs -n 1 cp -v 需要复制的文件 当然，路径可以一直加，也可以使用特殊符号表示 比如想给~/test/中所有文件夹都加一个~/file.txt的文件 echo ~/test/*/|xargs -n 1 cp -v ~/file.txt ...

文章 设置非root用户运行使用docker

...组，如果docker用户组存在可以忽略 sudo groupadd docker 2、把用户添加进docker组中 sudo gpasswd -a omicsclass docker 3、重启docker，用户重新登录系统就可以使用docker了 sudo service docker restart #centos6 systemctl restart docker #centos7 ...

问题 如何在linux服务器上安装paircoil2

我从paircoil2的网站上下载了paircoil2-linux-amd64.tar.gz安装包，然后上传到服务器上并解压后， 如图所示，怎么安装运行paircoil2？ 我看README中说是如下这样安装 请问这是什么意思，怎么安装呢，怎么放到家目录下之类的？ ...

问题 IsoSeq3：三代测序不同长度的library的合并问题

您好。我现在测了三代转录组的三个不同片段文库，分别是1-2kb，2-3kb和3kb以上。如果用IsoSeq3流程进行分析的话，请问这三个文库应该在哪一步合并呢？是在isoseq3 cluster的这一步之前，自己用pbmerge合并么？还是在哪里合并呢？

问题 叶绿体GetOrganelle组装不成环，调整后还是不行

...项），或者不指定-s选项，均不成环：contigs有15段。 2、novoplasty组装：Building Hash Table...Killed！

问题 我的差异基因是mstrg 开头的，然后做分析的时候这些基因转换不上去

在david里的差异基因很多都是mstrg开头的，在Step 2: Select Identifier的时候不知道选择什么