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文章 读博能有多惨？毕不了业还要被当数据研究！

...姐姐今天看到一张图片，给大家分享一下， 如图： 一个字，惨! 毕不了业还要被当数据研究，博士们真的是惨兮兮的呢。。。 比起最近的毕业论文答辩、考研等热点话题满天飞， 考博之战，真的每年都显得那么的静悄悄...

文章 一条命令能解决多少数据处理问题？

...关命令、文件搜索find及帮助man命令等。 所有命令都有一个共同点，那就是简单易用，功能强大。学会这几个命令，就能够满足我们平时数据处理的大部分需求啦。   说了这么多，怎么看呢？ 电脑上打开网易云课堂（网址：h...

文章 2024最新版《基因家族分析实操》直播培训开始报名了！

...路！ 当你还在犹豫基因家族分析能不能发文章时，2000+个同行已经在着手投递文章了，生信技能缺失不是问题，犹豫才是发文路上最大的拦路虎，拿出两天时间，你就能掌握基因家族分析技能！ 抓紧扫描下方二维码，报名组学...

文章 对组装结果中GAP左右批量设计引物

对于组装结果，常常会有一些GAP，我们需要用一代测序去填洞。这样就需要我们提取GAP左右的序列设计引物，这样可以用PCR把GAP扩增出来然后进行一代测序。往往GAP很多的时候手动设计引物就太麻烦了，这里我介绍一个批量查找...

问题 GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题

在用GATK CALL 变异后生成的g.vcf.gz文件用GATK的GenomicsDBImport工具导入db的时候出现了问题。我用的命令是：gatk  --java-options "-Xmx50g" GenomicsDBImport  \   -L intervals.list  --tmp-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 5 \   --reader-threads 5 --max-num-interva...

文章 QTL定位方法介绍

...计和统计模型，把控制某一数量性状的多基因系统作为一个整体来研究，利用一些遗传参数如遗传力和遗传方差来描述数量性状的遗传特征。但是这些参数是所有基因效应的总和，不能有效地分析控制性状表达的基因数目、具体...

文章 avereps相同ID取均值（limma包函数）

...值 > dat   type Num1 Num21     A   90   892     B   34   323     C   56   534     D   99   955     E   15   106     A   50   447     B   20   138     C   24   169     D   70   6110    E...

文章 正选择分析之 Site Models

... Models 进行正选择基因分析。 Site Models 简介 Site Models是PAML软件CODEML程序的一个正选择作用分析模型，其主要观点是同一序列不同位点的ω值不同，其中ω = dN/dS，表示非同义/同义替换率。ω比率用于度量正选择作用。简而言之...

文章 相关系数小结

相关系数用一种量化的方式评价两个或者多个随机变量之间的关系。这里总结三种相关系数的计算方式。 Pearson 用来衡量变量X和Y之间的线性关系。它的全称叫做Pearson product-moment correlation coefficient（好长~），简称PPMCC或者PCC。它...

文章 linux下替换文件中的换行符

之前在linux系统执行以下命令： ls file |xargs sed -i 's/\n//g' 然而却发现没有任何效果，百度之后发现 sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline。 如果非要使用sed命令，实现替换file文本...

文章 利用qiime2对微生物扩增子测序数据文库根据barcode信息拆分数据

首先准备sample-metadata.tsv文件，样本的barcode 文件信息，这里以双端测序为例： sample-id       forward-barcodes        reverse-barcodesLin027  GATCTGCA        CTACGATGLin028  GATCTGCA        GACATAGCLin029  GATCTGCA        GATCTGCALin032  GATCTGCA  ...

问题 老师，分析基因的在染色体上的外显子，内含子，UTR位置信息时，

一共运行了两个脚本：gffread  ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -T -o Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gtf和perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff，那么第一个叫...

文章 barplot()R语言绘制状图

数据： OTU IDCRWMembrane Transport0.1232550610.1314609080.136381709Carbohydrate Metabolism0.1185871220.1152349450.101467081Amino Acid Metabolism0.0990784610.1023070980.098133001Replication and Repair0.0640276080.081496790.077107142Energy Metabolism0.0630605790.0669996830.055660175Translation0....

文章 DNA和氨基酸 编码对照表IUPAC

...字母记录序列信息： 数据来源：https://www.bioinformatics.org/sms/iupac.html IUPAC nucleotide codeBaseAAdenineCCytosineGGuanineT (or U)Thymine (or Uracil)RA or GYC or TSG or CWA or TKG or TMA or CBC or G or TDA or G or THA or C or TVA or C or GNany base. or -gap 这里是氨基酸的...

问题 用GATK call SNP时报错

... files: samtools index SRR3274663.new.sorted.bam Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace. 这是我的命令：gatk --java-options "-Xmx20g -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeCaller -R genome.fast...