...分模块划分，且给出了连通性，如何进一步转换成cytoscape绘图的输入文件？ 其他的文件也有，像是基因-模块对应关系列表、模块-模块相关性结果excel展示（包含所有模块两两之间特征值的相关性系数与p值）、基因-模块相关性...
...令时 Rscript $scriptdir/var_density.R -i snp.unknown_multianno.vcf -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" Rscript $scriptdir/var_density.R -i indel.unknown_multianno.vcf -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "INDEL Density" 无法生成图例，而且只生成了pdf文件...
...以及网络中的核心基因。适用于复杂的数据模式，推荐15个样品以上的数据。现在测序价格越来越便宜，得到15个样品数据的成本很低，如果再结合样品性状数据进行模块基因与表型的关联分析，一定能给你的文章增色不少！如...
老师，R语言中有一个KNN补值函数叫impute.knn，该函数的源代码中有一个内部函数叫knnimp函数，与该函数中KNN的补值计算流程紧密相关，但是我却找不到这个内部函数的源代码，请问老师，这个内部函数knnimp函数的源代码是否可以...
很多项目的数据是多个分组，还有组建重复，因此如果没有批量下载的手段还是挺麻烦，总不能一个个点吧 一般而言有两种常见方法 1 SRA Run Selector直接获取，这个页面链接如下，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/操作也简单，...
...排序。但是当想排序的列是由字符和数字组成的时候，这个选项就不能达到想要的效果。 1. 例如，对某个文件列进行排序： #cat 1.txt1121232343556781011 #sort 1.txt1101112123233455678 直接使用sort命令，会按照(第一列第一个字符)的顺序...
...是有一定功能的结构域。 所以，MEME的输入必须至少有一个Pearson/FASTA格式的序列文件。 命令：meme <dataset> [optional arguments] 这里的<dataset>就是那个序列文件，必须是Pearson/FASTA格式，文件格式示例： >ICYA_MANSE INSECTICYAN...
...x回归分析，并构建预后模型，以及评估预后模型： $Rscript $scriptdir/multi_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/multi_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-P predict.time [predict.time ...]] [-c cut.score] [-s see...
...2: ls -F | grep "/$" -F 文件类型（File type）：-F可以在每一个列举项目之后添加一个符号，例如：/ 表明是一个目录；@ 表明是到其它文件的符号链接；* 表明是一个可执行文件 2.只显示文件 ls -al | grep "^-" 3.只列出前N个目录: ls...
... [root@c4bf00d21ba0 09:33:29 /work/01.cotton_data_prepare]# ll total 1.8G -rw-r--r-- 1 root root 23M Dec 20 15:55 AD4_JGI.annotation.gff3.gz -rw-r--r-- 1 root root 1.3G Dec 20 15:55 AD4_JGI.genome.fa.gz -rw-r--r-- 1 root root 466M Dec 20 16:48 AD4.longest_isoform.gff3 [root@c4bf00d21ba0...
在利用ggplot2绘图过程中常会要求Y轴显示为百分比类型，需要借助包scales 和ggplot2中的函数scale_y_continuous（labels）来控制 譬如绘制相关百分比或者密度频率等类型的图片时可以将对应的数据：小数转换成百分比在坐标轴上显示...
...WB检测为何有杂带？ 1) 从纯化方式来看：采用ProteinA/G纯化的多抗掺杂有动物本身产生的对其自身抗原产生的抗体，这些抗体在检测中会识别样本中的蛋白而出现杂带，可以采用抗原亲和纯化避免杂带的产生。 2) 从蛋白修...
...要求是这个list中的每个元素都有名字。 venn <- list(A,B,C)names(venn) <- c("A","B","C") 这样之后再进行绘制就没有问题了 附： VennDiagram绘制venn图详细参数： https://www.omicsclass.com/article/2259 VennDiagram绘制venn图基本语法： VennDi...
...行基因ID或者名称之间的转换。今天小编就给大家介绍几个在线转换的网站。 Uniprot基因ID/名称转换方法1、打开uniprot网站，https://www.uniprot.org；2、点击“Retrieve/ID mapping”，跳转页面进入ID转换界面；3、上传ID列表，选择转换类...