...库，同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列，fasta格式 -out：输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff，e值越小，相似度越高 -outfmt format：设置输出格式， 6是tab格式，7是有注释行的tab格式 还有其他的参数 -max_target_seqs:设置...
...此独立,所以全挂后台没有影响 但是如果存在依赖,怎么办呢? 比如这种情况,5个命令,但是cmd4和5依赖cmd1和2的输出,其中cmd3是独立的 cmd1cmd2cmd3cmd4cmd5 这里我们可以借助wait,把cmd1和2先并行运行,然后再运行345 cmd1 &cmd2 &wa...
您好我用的csv文件 文件格式如下 ，这个是包里自带的数据集我转成csv了 源数据是cel我该怎么办 > library(rbsurv)> setwd("C:/Users/Administrator/Desktop")> Mydata<-read.table(file = "C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\gliomaSet.txt",header=TRUE)>...
Adobe Illustrator 无法加载次应用程序的本地化资源文件 可以通过右键选择“管理员身份运行” 后能正常使用
采用gitlab 构建代码管理系统，经常要用到git 的一些命令，记录如下： 1. 克隆一个分析流程的代码仓库 # 注意不能再cluster 节点上操作，设置端口为880， 输入自己的用户名和密码 git clone http://192.168.1.100:880/root/rna_seq.git 2. 拉取m...
老师，您好 我这里遇到了内存不够的问题，我在虚拟机管理界面也加大了内存，还是会报这种错，请老师帮忙解答一下，谢谢
.... 数据下载 运行MCscan需要序列以及坐标文件，分别是fasta格式以及BED格式的，例如，可以从Phytozome下载cds的序列文件以及gff文件，再由gff文件生成BED文件。当然JCVI有相应的方法，可以直接下载，省去我们自己下载整理数据的麻...
最近GDC网站的API接口不太稳定，导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接，下载不了数据。遇到这种情况，只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下： 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Li...
Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图： 1.1 （a）将所有物种的全部蛋白序列通过序列比对和调用MCL聚类实...
...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...
... 色彩搭配 颜色很多，但是要搭配好一组颜色没有点艺术细胞还真挺为难的，还好R里面有个包RColorBrewer已经帮我们搭配好了色板，供我们使用： 连续型 sequential， 颜色渐变。 > display.brewer.all(type="seq")> brewer.pal(9,"Blues") #...
...CIGAR的cg标签minimap2 -c ref.fa query.fq > alignment.paf#3、以SAM 格式输出对齐minimap2 -a ref.fa query.fq > alignment.sam#4、建立索引来进行比对minimap2 -d ref.mmi ref.fa # indexingminimap2 -a ref.mmi reads.fq > alignment.sam # alignmen...
进行data_qc处理时有一个样本的文件无法打开 其他样本都是正常的 这是什么原因
... mcmctree mcmctree1.ctl >run1.o 日志文件显示如下： PAML 软件中的 MCMCTREE 工具， finetune 参数现在已经被废弃了。 ————————-—— mcmctree mcmctree2.ctl > run2.o 日志文件显示如下： 1. PAML 软件中的 MCMCTREE 工具， finetune 参...
...Robert在GNU这个许可证下授权，这使得R成为了一个免费的软件。R软件是一款非常优秀的数据分析软件，市面上也有很多其他流行的统计和绘图软件，例如微软公司的Excel，SAS，IBM 公司的SPSS，Stata，S-PLUS以及Matlab等。这些软件当中...