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文章 perl程序中shift的用法

...它返回 undef。 如果省略了 ARRAY，那么该函数在子过程和格式的词法范围里移动 @_；它在文件范围（通常是主程序）里移动 @ARGV。 子过程通常以拷贝它们的参数到词法变量里开始，而 shift 可以用于这个目的： sub marine {    ...

文章 百度网盘 for Linux ——BaiduPCS-Go用法

...外界进行沟通的用户一定知道bypy，不过遗憾的是，这个软件python写的软件太过缓慢，不过我最近发现了一个软件，BaiduPCS-Go 他用go编写，几乎像是百度网盘linux版一样好用 在官网找自己服务器cpu架构的版本下载，当然windows版本...

文章 如何看懂从TCGA下载的甲基化数据

...甲基化数据是包含了样品中不同甲基化位点的甲基化程度β值和位点的注释信息。该数据的表头解释如下： Composite ElementA unique ID for the array probe associated with a CpG siteBeta ValueRepresents the ratio between the methylated array intensity and total arr...

文章 二叉树算法介绍

二叉树是一种非常重要的数据结构，它在计算机科学和软件工程中有着广泛的应用。本文将对二叉树进行简要介绍，并给出几个实际应用的例子。 一、二叉树简介 二叉树是一种树形数据结构，其中每个节点最多只有两个子节...

文章 已测基因组植物统计（增补完善版），建议收藏！

...个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操  2. 2区文章...

文章 对vcf文件排序

部分软件使用vcf时，需要vcf文件是排序过的。可以使用Tassel软件的run_pipeline.pl来排序。 命令如下： run_pipeline.pl -Xmx20g -Xms1G -SortGenotypeFilePlugin -inputFile snp.vcf -outputFile snp.sort.vcf -fileType VCF 以上命令即可对vcf文件就行排序。

文章 eclipse当中出现中文乱码解决办法 UTF-8

... windows当中中文的默认编码是GBK，linux中是UTF-8所以当编码格式不统一时中文就出现乱码，英文就没事，除非你的代码当中不出现中文注释； 否则应该配置一下eclipse默认的文本文件编码格式，建议统一成UTF-8： 设置方法，点击...

文章 选择清除分析之XP-EHH

...入文件：（1）hap files (--hap)： IMPUTE2 的 HAP / LEGEND / SAMPLE 格式中的 hap 文件，一行代表一个SNP，一列代表一个haplotype。如果是 vcf 格式，可以用 vcftools 转换格式：vcftools --gzvcf genotypes.vcf.gz --IMPUTE 。（2）map files (--map)： 跟 plink 的 p...

文章 SCI期刊选择困难症有治了！推荐一款选刊神器！速领！

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文章 空间转录组数据读取

...,fq文件,那我们如何使用r来分析这些数据呢?很多同学做单细胞,对于矩阵的读取没啥问题,但是空间转录组多了一个图片,那如何处理呢 fq数据 fq数据直接用肯定不行,需要借助软件spaceranger进行预处理,具体操作这里不讲了,见我这...

文章 Evolview：制作图例

...制进化树时，可以根据自己的设置添加相应的图例 命令格式说明： 参数取值参数取值与说明!Groups or !LegendText逗号分隔的文本图例下面包括的内容的名称，如“groupa,groupb,groupc”!LegendStyle or !Stylerect or circle or star图例内容前面...

文章 Nature：2019年度最佳科学图片top10，总有一张震撼到你！

...况，这是科学家使用扫描电子显微镜拍摄到的图片。 3，细胞圈 这张图，由无数个小点组成，每个小点代表了来自恒河猴的10万个细胞中的一个， 科学家将具有相似特征的细胞会聚集在一起，而每种颜色都代表了不同的组...

文章 SNP不能转化成CAPS标记？来试试dCAPS吧！

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接： htt...

文章 vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

...s not found for file drivingVariantFile 这个报错是因为GATK读别的软件生成的vcf.gz文件，需要一个索引 所以使用bcftools建立索引 bcftools index -t filter1.vcf.gz#-t 建立tbi索引 但此时bcftools又报错  index: the file is not BGZF compressed, cannot index 这...

文章 三代纠错软件LoRDEC安装

软件地址：https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/wikis/home#lordec  安装版本：0.9 下载之后解压并安装： 环境变量设置，提高GCC版本为 6.4： export PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib6...