问题 在进行GWAS的LDBlock可视化中，在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt -PointSize 0.8命令时，程序居然报错UnKnow argument -PointSize，请问这是怎么回事呢，如何解决呢？请组学大讲堂的老师麻烦回答一下！谢谢！

文章 压缩或解压软链接文件，gzip或gunzip报错Too many levels of symbolic links

一、gzip报错 目录下有个软链接的文件，想对它进行压缩，但是却报错 gzip: Too many levels of symbolic links 通过看gzip说明文档 可以使用 -c 标准输出到别的文件，报错就解决了 gzip -c raw.filtered.vcf > raw.filtered.vcf.gz 二、gunz...

文章 Excel快速画出美观饼图

...点击“选择数据” （下图A），于弹出窗口设置数据(下图B); 一种是直接修改“图表数据区域”，鼠标点击圈选数据，并确定，即可出现饼图（下图C）;另一种是通过“添加“设置数据（下图B中2位置），于弹出框中设定”系列值...

文章 相关系数小结

相关系数用一种量化的方式评价两个或者多个随机变量之间的关系。这里总结三种相关系数的计算方式。 Pearson 用来衡量变量X和Y之间的线性关系。它的全称叫做Pearson product-moment correlation coefficient（好长~），简称PPMCC或者PCC。它...

问题 不同胁迫处理以及不同类型的RNAseq数据denovo组装

...好？数据类型不一样能放在一起组装么？ 用什么软件会更好一点处理这个问题？ 谢谢老师，期待您的回复解答。

文章 ggtree绘图lable显示不全如何调整

...注释软件包，可以读取多种格式（包括newick，nexus，NHX，jplace和phylip）的系统发育树文件并进行绘图。 当使用ggtree绘图出现lable显示不全的情况： p=ggtree(tree, ladderize=FALSE, size=0.3, branch.length="none",layout="circle")+ geom_tiplab(size=4)+ ...

文章 TCGA临床数据下载—TCGAbiolinks

...v'), row.names =F) } 4.数据合并问题 （第三种方法） 这几个矩阵c("drug","follow_up","radiation","patient","stage_event","new_tumor_event","admin")可不可以直接并成一个矩阵呢？ 答案是：不可以合并多个表格的数据。 这可能是因为： 1. 随访曾...

文章 KEGG数据库-pathway注释信息下载

...下载pathway想的注释文件。主要有3类： 1. KGML 文件： 这个文件是对pathway 进行定义的文件，修改该文件就可以对代谢通路进行改变，比如通过颜色标注一些基因的差异表达信息。访问API地址： http://rest.kegg.jp/get/ko05130/kgml 其中k...

问题 https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

愁死了可，不知道下载哪几个文件

文章 linux查看文件夹大小

...下的文件会按照最后一次更新的时间上下排列，并会以KB、MB等单位进行显示更加直观地显示文件大小，默认的单位是B。 du ：查看当前目录和子目录文件夹/文件大小情况 du [OPTION]… [FILE]…-c, --total 累计大小 -d, --max-depth=N 决...

问题 #fst 与 pi 联合 筛选受选择区域

...dowed.pi --pi2 pi.cultivated.windowed.pi --zscore --log2 \     -A wild -B cultivated -c 0.05 -n fst-pi.wild-vs-cultivated  -f pdf fst_pi_select_sweep.r --fst Fst.wild.cultivated.windowed.weir.fst \     --pi1 pi.wild.windowed.pi --pi2 pi.cultivated.windowed.pi --zscore --log2 \     -A wi...

文章 split_sample.r根据生存数据对样本随机分组

使用方法: usage: split_sample.r [-h] -i input [-e event] [-t time] [-p propotion] [-o outdir] [-n name] The complete data set is randomly divided into training set and test set optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i input, --inpu...

文章 InterProScan-蛋白质预测

...JSON,GFF3 -o：输出文件名 除此之外还有其他参数帮助我们更好的进行个性化的检索，比如通过-appl参数选择要搜索的库（默认全选）： 具体使用参数详见官方网站：https://interproscan-docs.readthedocs.io/en/latest/HowToRun.html tsv格式文件...

文章 跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析（PCA）

...格，可以选择不同颜色的组，使用较大的点和透明度，以更好地评估点的密度，并去除椭圆里面的部分： &gt; col <- funky(15)&gt; s.class(pca1$li, pop(microbov),xax=1,yax=2, col=transp(col,.6), axesell=FALSE,          cstar=0, cpoint=3, grid=FALSE)&gt; add...

文章 构建遗传图谱---作图群体如何选择？

...锁图谱的前提是建立作图群体，建立作图群体需要考虑几个因素：亲本（父母本的选择）、分离群体类型以及群体大小等。 亲本的选择 亲本的选择直接影响到构建遗传图谱的难易程度及所建图谱的使用价值。一般应从四个方...