问题 基因家族物种间共线性，老师，为什么我的物种间共线性分析总是报错，我检查了文件格式他还是报错。 我用这个物种的文件vs这个物种的文件就可以得到结果，两个不同的就没有结果，文件应该没有问题。这是为什么呀老师？（下面的图片也是同一个物种，但是不是同一个网站的数据）

文章 正选择分析之 Site Models

...序。运行CODEML程序需要三个文件，分别是序列文件（PHYLIP格式），树文件和控制文件。控制文件示例：      seqfile = Fungi.fasta    * sequence data file name     treefile = Fungi.tree   * tree structure file name      outfile = mlc          * main ...

问题 annovar注释疑惑

...np.refGene.variant_function、snp.refGene.log。同时，会出现外显子格式不正确或者是输出文件格式不正常等报错信息，snp.refGene.fa和snp.unknown_multianno.txt则是0KB

问题 关于Win10家庭版开启Hyper-V

按照说明建立了.cmd文件，但是以管理员身份运行的时候，总是不能出现下图这样的，而是黑色界面出现后即闪退消失，请问有大佬能够帮忙解决嘛，非常感谢！

文章 Bugbase表型预测

...ta,进入上传数据页面。输入的文件有两个，网站对文件的格式有着明确要求。 首先是OTU_table：必须是BIOM1.0JSON格式（文件格式转化参考：https://www.omicsclass.com/article/1314）；16S必须是GreenGenes为van靠数据库；宏基因组以IMG为参考；...

文章 收藏贴-基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解

...可以导入列表文件，并且网站页面给出了各种案例文件的格式。目前网站接受多种形式的id，包括Entrez Gene ID，RefSeq (RNA and Proteins)， Gene Symbol and aliases，Ensembl (Gene, Transcript, Protein)，UCSC，UniProt。 用户输入需要分析的基因并提交...

文章 dQTL.seq方法研究基因定位

...进行过滤，过滤掉亲本杂合以及亲本相同的位点。 02. 格式转换 /share/work/biosoft/GATK/latest/gatk VariantsToTable -V all_sample_snp.vcf -F CHROM -F POS -F TYPE -GF AD -O output.table 利用VariantsToTable工具进行格式转换 -V：输入文件 -F：提取任一.vcf列...

文章 外源插入位置查找好方法

随着基因工程技术的发展，跨物种转基因从而使某个动植物或者微生物具有某种特定的功能，已经成为突破现有传统育种手段和基因工程的有力工具。但是，要想找到转基因后的样品是否转基因成功，再进一步知道转入的外来基...

文章 搭建生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）

软件下载地址（组学大讲堂提供）： §JDK（1.8）：https://pan.baidu.com/s/134BJkkrpnCFNMREYJ3mA-Q §Eclipse（ 4.4.0 ）：https://pan.baidu.com/s/1tWKKMtlTqPF6tUAm-KvRsw §Activeperl：https://pan.baidu.com/s/13QlrDl775BSbDAa7gzZPNg §以上软件在Win7  64位操作系统...

文章 Horticulture Research | 基因组变异揭示了莲花的种群历史和生物适应性

...转座子(RT)；f. LTR-RT；g. SNP；h. InDel；i. 共线性。 2. 体细胞突变分析 以高质量的太空莲3号基因组为参考基因组，对8个突变累积系的变异进行分析和验证，在每个突变累积系中累积的突变的数量在3和9之间，通过公式: 估算...

问题 PSMC 作图问题

老师，您好，做PSMC到出图的时候报错： 打开B209.psmc的1199行是这个样子的？？请问是什么原因呢？

问题 老师您好，请问在用MEGA软件利用保守域构建进化树时有几个基因含有不完整的结构域序列导致进化树构建不成功，删除后就可以构建了，删除的那几个基因在pfam和NCBI都确认了含有该保守结构域，后续分析的时候还可以继续将其归为该基因家族成员吗？

问题 老师你好！多个物种（黄瓜、拟南芥）构建进化树，用蛋白序列做多序列比对时，把所有序列一起弄到MEGA软件中进行比对这样做对么？有老师说用mega做多序列比对时，序列数最好不要超过80条，我提交了300多条一起做的多序列比对，这样做出来的结果会不会有问题呢？

问题 Cytoscape图片导出的问题

请问老师，我在软件中美化好的图片跟导出的图片不相同应如何解决，1是软件中美化好的图片，2是导出的PDF图片  想要导出后的图片连线为直线 并且没有无效文字的显示

文章 fasta格式文件介绍 What is FASTA format?

What is FASTA format? FASTA format is a text-based format for representing either nucleotide sequences or peptide sequences, in which base pairs or amino acids are represented using single-letter codes. A sequence in FASTA format begins with a single-line description, followed by lines of sequence ...